Andrej Babiš mladší byl jedním z lidí obviněných v souvislosti s dotací pro farmu Čapí hnízdo. Jeho otec, nynější premiér Andrej Babiš (ANO), řekl v Poslanecké sněmovně, že jeho děti byly majiteli anonymních akcií Čapího hnízda v době, kdy o padesátimilionovou dotaci žádalo – formálně jako subjekt oddělený od skupiny Agrofert. Do ní přitom patřilo předtím a opět se do ní vrátilo, když byly zakázány akcie na majitele.
Premiérova syna se netýkalo zastavení trestního stíhání ostatních obviněných, o kterém rozhodl státní zástupce Jaroslav Šaroch loni na podzim – a které později částečně zrušil nejvyšší státní zástupce Pavel Zeman – protože bylo vyčleněno do samostatné kauzy.
Mluvčí Městského státního zastupitelství v Praze Aleš Cimbala uvedl, že státní zástupce Šaroch ve svém nynějším usnesení reflektoval závěry nejvyššího státního zástupce Pavla Zemana, když posuzoval předchozí rozhodnutí městského státního zastupitelství. V něm potvrdil zastavení stíhání většiny obviněných s výjimkou premiéra a jeho bývalé poradkyně s argumentem, že nebyly opatřeny žádné důkazy, které by prokazovaly alespoň jejich srozumění s tím, k čemu mělo vyčlenění Čapího hnízda z Agrofertu sloužit.
Přesto usnesení prověří ještě nejvyšší žalobce. Ten může do tří měsíců od právní moci nezákonná usnesení nižších státních zástupců o zastavení trestního stíhání zrušit nebo rozhodnout o postoupení věci.
V roce 2018 se s Andrejem Babišem mladším sešli novináři webu Seznam Zprávy. Babiš mladší jim řekl, že po vypuknutí kauzy jeho otec „chtěl, abych zmizel“. Údajně jej kontaktovala psychiatrička Dita Protopopovová a hrozila mu hospitalizací v Národním ústavu duševního zdraví. V opačném případě měl odcestovat na Ukrajinu. Zároveň Babiš mladší připustil, že „něco s Čapím hnízdem podepisoval“. „Nevěděl jsem vůbec, co podepisuji,“ řekl serveru Seznam Zprávy.
Po zastavení jeho trestního stíhání jsou v souvislosti s Čapím hnízdem obviněni už jen dva lidé – premiér Andrej Babiš a jeho někdejší poradkyně Jana Mayerová. Od podzimu je definitivně zastaveno stíhání premiérovy manželky Moniky Babišové, dcery Adriany Bobekové, švagra Martina Herodese a bývalého člena představenstva společnosti Farma Čapí hnízdo Josefa Nenadála.
Podle Nejvyššího státního zástupce se u nich nepodařilo prokázat subjektivní stránku trestné činnosti, tedy zavinění.