Malá obec Lidice se stala nejviditelnější obětí heydrichiády. Budovy byly vypáleny, srovnány se zemí a obyvatelé buď rovnou povražděni, nebo přemístěni do koncentračního tábora. K vyhlazení Lidic se schylovalo navečer 9. června 1942, řádění nacistů začalo až druhý den. Od události v pátek uplynulo 74 let. Historik Jan Machala uvedl, že likvidaci mínili nacisté jako výstrahu, ale v zahraničí to posílilo postavení československého odboje i exilové československé vlády.
Koncem května 1942 provedla skupina československých výsadkářů útok na říšského protektora Reinharda Heydricha. Obyvatelé Lidic mohli jen těžko tušit, že tyto události nakonec povedou až k likvidaci jejich obce. Bylo vyhlášeno stanné právo a začaly masové popravy. Vůdce Adolf Hitler požadoval v Protektorátu Čechy a Morava provést exemplární trest.
K Lidicím dovedla nacisty souhra okolností. Na jejím počátku stál dopis Josefa Říhy adresovaný Anně Marusczákové, která pracovala jako dělnice ve slánské továrně na baterie. Říha chtěl ukončit milenecký vztah s Marusczákovou a napsal dopis tak, aby ji utvrdil v domnění, že je odbojářem, který musí kvůli své činnosti zmizet.
K dopisu se však dostal majitel továrny a starosta Slaného Jaroslav Pála. V autorovi psaní viděl možného pachatele útoku na Heydricha, a informoval proto úřady. Dokument skončil v rukou kladenského gestapa.
Spojitost s atentátem vyvodili z výslechu Marusczákové. Zmínila se totiž, že se jí Říha jednou ptal, zda zná rodinu Horákových z Lidic. Znala, a tak ji požádal, aby u Horáků vyřídila vzkaz, že syn Pepík je zdráv a že se mu daří dobře. Gestapo zjistilo, že Josef Horák sloužil spolu s dalším lidickým rodákem Josefem Stříbrným v Britském královském letectvu.
Vyšetřovatelům se tak nabízela hypotéza, zda nemohl být Josef Horák jedním z atentátníků. Při domovních prohlídkách a výsleších však neodhalili nic podezřelého. Nejistá stopa stačila, aby se Lidice staly místem, kde nacisté zasáhli. Souvislost středočeské obce u Kladna se zabitím Heydricha se nikdy neprokázala.
Nacisté nechtěli na místě nechat známku toho, že tu vůbec kdy obec stála
Večer 9. června 1942 nejprve obec obklíčili příslušníci gestapa a policie, druhý den začali s vyhlazením. Celkem 173 mužů a chlapců starších patnácti let bylo nahnáno do Horákova statku, na jehož zahradě byli posléze zastřeleni. Ženy byly převezeny do tělocvičny kladenské reálky, odtud pak do koncentračního tábora v Ravensbrücku. Děti byly ve většině zavražděny plynem cestou do vyhlazovacího tábora. Oběťmi nacistického vraždění se stalo celkem 340 lidických obyvatel.
Obec nacisté vypálili a ohořelé obvodové zdi domů nechali odstřelit. Okolní terén se změnil tak, že místo nepoznávali ani přeživší lidičtí obyvatelé. Po skončení války se zpět vrátilo 143 žen a 17 dětí. Z původních obyvatel, kteří přežili vypálení Lidic, žije v současné době 13 dětí a dvě ženy.
Osud Lidic vyvolal ve své době odezvu v mnoha zemích světa a spolu s následným vyhlazením vesnice Ležáky na Chrudimsku (24. června 1942) se stal jedním ze symbolů nacistické hrůzovlády v Evropě.
Že událost rezonovala v zahraničí, potvrzuje i historik Ústavu pro studium totalitních režimů Jan Machala. „Zlepšilo to postavení československého odboje, přehnala se vlna solidarity s českým národem v zahraničí, vzniklo několik hnutí za obnovu Lidic, za pomstu nacistům, přejmenovávaly se města a vesnice na Lidice. Myslím, že první bylo ve Spojených státech. Pomohlo to, co se týče postavení československé vlády v zahraničí a oduznání Mnichovské dohody ze strany Velké Británie a potom i částečně při jednání o odsunu sudetských Němců z Československa,“ zmínil.
