Kvalita vody ve většině sledovaných přírodních koupališť v České republice je zatím dobrá – voda je nezávadná a vhodná ke koupání. Přesto se už vyskytly lokality, kde krajské hygienické stanice vyhlásily zákaz – patří mezi ně rybníky Sykovec a Rosnička a přírodní biotopy Honětice a Modrá. Na řadě dalších míst pak koupání nedoporučují.
Ve většině koupališť je voda vhodná ke koupání. Zákaz vyhlásili hygienici jen ve čtyřech lokalitách
Zákaz koupání zatím platí jen na čtyřech místech Česka – v rybníku Sykovec na Žďársku a Rosnička na Svitavsku, dále pak v biotopech v Modré na Uherskohradišťsku a v Honěticích na Kroměřížsku.
Ke koupání není vhodná voda ani ve Velkém rybníku na Karlovarsku, v rybníku Valcha na Klatovsku, v Staňkovském rybníku u Třeboně a rybníku Černý u Smrčné. Přestože hygienické stanice v těchto koupalištích zatím nevyhlásily zákaz, představuje koupání v nich zdravotní riziko – zejména pro děti, těhotné ženy a osoby trpící alergií či s oslabeným imunitním systémem.
Na zhoršenou kvalitu vody upozorňují hygienické stanice v pražských koupalištích Šeberák a Hostivař, dále v Máchově jezeře, vodní nádrži Seč na Chrudimsku, v Břevnické nádrži u Chotěboře, v Pilské na Žďársku, na koupališti v Novém Městě na Moravě nebo ve vodní nádrži Bušperk. Přestože koupání v těchto lokalitách by s sebou nemělo nést zdravotní rizika, doporučují hygienici osprchovat se po něm čistou vodou.
Příčinou zhoršené kvality vody jsou většinou sinice
Častou příčinou horší kvality vody v přírodních koupalištích jsou sinice, které mohou vyvolat vyrážky, podráždění očí, rýmu, ale i žaludeční a střevní potíže nebo jaterní problémy. Výskyt sinic ve vodě si mohou lidé ověřit jednoduchým testem, kdy vodu naberou do plastové lahve a po půl hodině ověří, zda se zelené částice shromáždily u hladiny. Pokud ano, jedná se o sinice. Pokud zůstane voda rovnoměrně zakalená, nebo se začne tvořit větší zákal u dna, pravděpodobně jde o řasy.
Kontroly jakosti koupací vody provádí krajské hygienické stanice nebo provozovatelé koupališť minimálně jednou měsíčně.