Sporných momentů v česko-ruských vztazích je v posledních letech řada a nejaktuálnější ruský zájem o stavbu nových bloků v jaderné elektrárně Dukovany se střetává s varováním tajných služeb před ruskou špionáží. Rusy například popudilo vydání ruského hackera Jevgenije Nikulina do USA, odstranění sochy maršála Ivana Koněva nebo vybudování pomníku vlasovcům.
Zprávy civilní Bezpečnostní informační služby (BIS) i Vojenského zpravodajství (VZ) téměř každý rok varují před ruskou zpravodajskou činností v Česku. Podle výroční zprávy BIS za rok 2019 zde operovaly všechny ruské tajné služby.
BIS také zmínila, že dlouhodobým bezpečnostním problémem je naddimenzovaná velikost ruské ambasády v Praze. Uvedla, že nejzávažnější hrozbu pro ústavnost státu představovalo šíření dezinformací proruskými aktivisty.
Dukovany
Rusko má zájem o stavbu nových bloků v jaderné elektrárně Dukovany. Před tím dlouhodobě varují české tajné služby i část politické scény. Argumentují tím, že udělení zakázky Rosatomu by bylo bezpečnostním rizikem.
Koněv
Socha maršála Ivana Koněva v nadživotní velikosti byla v Praze 6 – Bubenči odhalena v roce 1980. Po pádu komunistického režimu se objevila iniciativa žádající její odstranění. Koněv je pro řadu lidí kontroverzní postavou, především kvůli své roli při potlačení povstání v Maďarsku v roce 1956 a při krizi v Berlíně o pět let později.
Socha byla několikrát popsána a pokreslena či přetřena na růžovo. Při 50. výročí srpna 1968 odhalila radnice Prahy 6 u sochy tabulku s doprovodným textem.
Proti instalování tabulky protestovali velvyslanci Ruska a některých dalších zemí bývalého SSSR. Radnice Prahy 6 v čele se starostou Ondřejem Kolářem (TOP 09) loni v srpnu sochu zakryla, proti čemuž protestovala například ruská ambasáda, která krok označila za „opakované zneuctění památky vojáků Rudé armády padlých v bojích proti nacistům za svobodu Československa“. Radnice Prahy 6 pak nechala začátkem dubna sochu odstranit. Nahradit jí má památník osvobození Prahy na konci druhé světové války.
V dubnu 2020 skupina lidí v maskách zaútočila na české velvyslanectví v Moskvě. Na plot vyvěsila nápis Stop fašismu a hodila do areálu několik dýmovnic. Podle ruské televize REN to byla reakce na odstranění Koněvovy sochy. Při incidentu nebyl nikdo zatčen. Česko poslalo ruské diplomacii v reakci protestní nótu a zvýšilo ostrahu.
Vlasovci
V roce 2019 odhlasovalo zastupitelstvo Řeporyjí, že k 75. výročí konce druhé světové války nechá tato pražská městská část zbudovat vzpomínkové místo na padlé vojáky Ruské osvobozenecké armády, takzvané vlasovce. Tito původně sovětští vojáci po zajetí Němci bojovali po jejich boku, na konci války ale pomohli při osvobozování Prahy.
S návrhem přišel starosta Řeporyjí Pavel Novotný (tehdy ODS). Pomník byl odhalen koncem dubna, ruská ambasáda reagovala prohlášením, v němž uvedla, že pomník a odstranění Koněvovy sochy jsou ústupkem těm, kdo se snaží o revizi výsledků druhé světové války.
Veteráni z roku 1968
V červnu 2019 vyvolal v Česku pobouření návrh několika ruských komunistických poslanců, aby účastníci invaze do bývalého Československa v srpnu 1968 získali status válečných veteránů. Sněmovna tento návrh označila za „odporný pokus legitimizovat okupaci“.
Návrh ruských poslanců kritizoval i prezident Miloš Zeman, který si pozval kvůli tomu na Hrad ruského velvyslance Zmejevského. Návrh byl nakonec bez projednání stažen.
Památka obětí okupace
Roku 2019 prezident Zeman podepsal novelu zákona o státních svátcích, podle které si Česká republika bude 21. srpen připomínat oficiálně jako Den památky obětí invaze v roce 1968 a následné okupace vojsky Varšavské smlouvy.
Proti tomu se ohradila ruská diplomacie s tím, že rozhodnutí sotva přispěje ke spolupráci mezi oběma státy. Ruskou reakci ostře odmítl Zeman i česká diplomacie. Podle ministra zahraničí Tomáše Petříčka (ČSSD) česko-ruské vztahy kalí spíš snaha události roku 1968 relativizovat.
Adresa ambasády
Roku 2020 přejmenoval pražský magistrát část ulice s vchodem do ruské ambasády na náměstí Borise Němcova. Tohoto politika, který působil jako jedna z nejvýraznějších tváří protiputinské opozice, zabili vrazi nedaleko Kremlu.
Ruské velvyslanectví několik měsíců po přejmenování náměstí změnilo svou doručovací adresu na Korunovační 34. V dubnu 2020 dostal primátor Prahy Zdeněk Hřib policejní ochranu kvůli možnému pokusu o otravu.
Nikulin
Ruský hacker Jevgenij Nikulin byl zadržen v Česku v říjnu 2016 na základě amerického zatykače, v USA byl obviněn z hackerství. Jeho vydání požadovalo i Rusko kvůli internetové krádeži.
Česká republika v roce 2018 vydala Nikulina do USA a ruské ministerstvo zahraničí poté uvedlo, že vydání podkopává základy česko-ruské spolupráce. Krok vyvolal kritiku i prezidenta Miloše Zemana, který tehdejšího ministra spravedlnosti Roberta Pelikána (za ANO) žádal o Nikulinovo vydání do Ruska.
Skripal
V březnu 2018 premiér Andrej Babiš (ANO) oznámil, že Česko vyhostí tři členy ruského diplomatického personálu v reakci na otravu bývalého ruského agenta Sergeje Skripala a jeho dcery v Británii. Zároveň uvedl, že Rusko překročilo veškeré meze, když označilo Česko za možnou zemi původu nervového jedu novičok, použitého k útoku.
Moskva později v reakci na kroky Británie a jejích spojenců včetně Česka oznámila, že vypoví stejný počet diplomatů, kolik jich dané státy vyhostily zpět do Ruska. BIS ve své zprávě uvedla, že vyhoštění tří osob s diplomatickými pasy ruské zpravodajce v Česku oslabilo.
Nelegální pronájmy bytů
V srpnu 2019 Rusko stáhlo z Prahy diplomata Alexandra Těrentěva spojovaného s kauzou nelegálního pronájmu bytů, které měla ruská ambasáda k dispozici. Na stažení ruského diplomata naléhalo od jara české ministerstvo, které hrozilo, že ho jinak vyhostí.
