Česko sekvenuje málo a brazilská varianta už je v Itálii, varuje evropský expert

Erik Alm je v Evropském středisku pro prevenci a kontrolu nemocí zodpovědný za program sekvenování genomu viru SARS-CoV-2. Jeho práce může pomoci najít nebezpečnější varianty covidu-19 i sledovat, jakým směrem se virus vyvíjí. Česká republika zatím nesekvenuje dostatečně, řekl v rozhovoru pro Českou televizi.

Video Studio 6
video

Studio 6: Rozhovor s mikrobiologem Erikem Almem z ECDC k variantám koronaviru

Zdroj: ČT

Jaké varianty viru kromě té, která byla poprvé objevena ve Velké Británii, jsou teď v Evropě rozšířené?

Máme tady další dvě varianty: B.1.351, která byla poprvé detekovaná v Jihoafrické republice a ta je zřejmě většinou spojená s regionálními ohnisky. V žádné ze zemí nepřevládá, je méně nebo středně zastoupená. Měli jsme ale nějaké zprávy ze zemí, kde bylo takových ohnisek více – třeba ve Francii, Rakousku a taky Švédsku. Tuhle variantu musíme sledovat pozorně, protože dosavadní data ukazují, že například vakcína od firem Pfizer/BioNtech má proti ní nižší účinnost. Musíme vědět, jestli máme změnit očkovací strategii nebo upravit vakcíny.

Co se týká varianty P1, ta byla poprvé objevena v Brazílii, kde teď mají velmi špatnou epidemiologickou situaci a zdravotnický systém se hroutí. Tahle varianta je zatím stále docela vzácná v Evropské unii, ale v posledních týdnech tady byly znepokojující zprávy, že začíná být běžná v některých italských regionech. To je něco, co bychom měli sledovat. Vypadá to, že co se týče účinnosti vakcín, tak nemusíme mít takové obavy jako u varianty B.1.351, ale zatím jde o velmi předběžná data. A myslím, že tahle varianta je stále celkem problematická, obzvlášť když vezmeme v úvahu situaci v Brazílii, kde převládá.

Jak se podle vás situace v následujících týdnech změní?

Kéž bych to věděl. Nemám křišťálovou kouli, ale zdá se velmi pravděpodobné, že britská varianta bude i nadále převládat. A to může být určitým způsobem i výhoda. Díky tomu, že je nakažlivější, může porazit varianty, které byly poprvé detekovány v Jihoafrické republice a Brazílii, a to by mohlo být dobré pro očkovací strategii. Takže ta varianta B.1.1.7, tedy ta britská, bude nadále převládat v zemích Evropské unie ještě alespoň měsíc. Pokud jde o ty ostatní, tak je mnohem méně jisté, co se stane. Myslím, že je tady riziko, že jedna z nich nebo i obě se začnou v některých evropských regionech objevovat v souvislosti s ohnisky, která jsme zaznamenali. Ale je opravdu velmi obtížné dobře předpovědět, co se stane.

Jak tomu můžeme zabránit?

Je velmi důležité dodržovat všechna opatření, která byla v každé ze zemí zavedena. Aby lidé zůstali obezřetní a nepropadali tomu módu pandemické otupělosti, kdy se o opatření přestávají starat. Taky myslím, že je velmi důležité, aby se zaznamenaná ohniska pořádně trasovala. A také by to mohlo být řešeno regionálními opatřeními, jako jsou uzávěry postižených oblastí, ve kterých ohniska propukla.

Jaké procento pozitivních PCR vzorků musíme osekvenovat, abychom dokázali odhalit novou variantu a zjistit, jak je rozšířená v populaci?

Začnu s tou druhou otázkou – na určení toho, jak moc se daná varianta rozšířila v populaci, vydala ECDC instrukce, aby si země mohly vypočítat, kolik vzorků musí přibližně osekvenovat. A pro většinu zemí se současným rozšířením covidu-19 doporučujeme zhruba pět set vzorků týdně. To je pro určení podílu různých variant. Na odhalování nových variant není žádný horní limit. Šance detekovat nové varianty včas se bude zvyšovat s množstvím vzorků, které osekvenujete. Evropská komise doporučuje, že by země měly sekvenovat kolem pěti až deseti procent vzorků, což je docela drahé a provozně náročné. Ale opravdu hodně by to zvýšilo šance zachytit nové varianty včas.

Myslíte, že Česká republika sekvenuje dostatečně?

Ne, to si nemyslím. Myslím, že Česko bude potřebovat sekvenovat o trochu víc. Teď Česká republika využívá sekvenačního Evropského centra pro prevenci a kontrolu nemocí, kam posílají 200 až 300 vzorků týdně. A to je asi tak polovina toho, co doporučujeme pro to, aby byla země schopná sledovat, jak se varianty vyvíjejí. Takže doufám, že se státní kapacity v Česku navýší a taky, že my dokážeme nabídnout ještě více podpory.

Jak vybrat, které vzorky osekvenovat?

To záleží na tom, co chcete. Pokud chcete jen sledovat, jak se vyvíjejí varianty, o kterých už víte, a to je ten hlavní cíl, protože máme vytipované varianty, které chceme sledovat, tak na to musíte vybírat co nejvíc reprezentativní vzorky.

Takže jednou z možností je vybrat je náhodně z pozitivních vzorků, to je docela jasné. Ale abyste dokázali zachytit nové problematické varianty, tak dává větší smysl zaměřit se na specifické typy případů. Třeba na takzvané prolomení vakcíny, kdy máte očkovaného pacienta, který se stejně nakazí – protože takoví lidé jsou ohroženi těmi problematickými variantami. A taky sekvenovat vzorky pacientů, kteří mají kontakt se zvířecími rezervoáry, jako jsou farmáři, a taky pacientů s chronickými imunitními problémy nebo dlouhodobou infekcí covidu-19, protože ty mohou být spojené s rozvojem nových variant. Takže to záleží na tom, co chcete. Ale v současné situaci doporučujeme hlavně dělat náhodný výběr, abychom mohli sledovat celkovou epidemiologickou situaci v každé zemi.

Jak tento sekvenační program ECDC funguje?

Máme smlouvu s poskytovatelem komerčního sekvenování se sídlem v Německu. V současné době máme v rámci této smlouvy kapacitu okolo tří tisíc vzorků týdně. Do programu je zapojeno 12 zemí, které každý týden posílají přibližně dvě až tři stovky vzorků. Česká republika je jednou z nich.

Co těch dalších 11 zemí?

Ten seznam mohu poskytnout – v současné době je to Bulharsko, Česko, Estonsko, Chorvatsko, Irsko, Kypr, Litva, Lotyšsko, Polsko, Řecko, Slovensko a Slovinsko.

Jak se mohou ostatní zapojit do tohoto programu, co musí udělat?

V současné době jsme narazili na hranice stávající smlouvy. Chceme ji rozšířit, abychom zvýšili kapacitu. V současné době na tento seznam nepřijímáme žádné nové země. Seznam byl sestaven s přihlédnutím k národním kapacitám v těchto zemích a také k jejich epidemiologické situaci. Snažíme se tedy mít v něm země, které mají nejnižší kapacity, pokud jde o sekvenování, a také ty, kde je nejvíce varovná epidemiologická situace.

Jak tento program sekvenování při ECDC vzniknul?

Už několik let máme program na podporu sekvenování dalších onemocnění, ale kapacita se ani zdaleka neblížila třem tisícům vzorků týdně – to bylo možná maximálně za rok. Takže jsme to museli rychle rozšířit, a tak jsme se zeptali našich dodavatelů, jestli jsou schopni rozšířit kapacitu a oni to dokázali.

Jak jste vybrali právě těch 12 zemí – vyzvali jste je, aby se připojily k vašemu programu?

Sledovali jsme, jak moc každá země během pandemie sekvenovala. Tak jsme našli země, které tolik nesekvenovaly. Také jsme se podívali na vývoj pandemie v každé z nich, abychom zjistili, jestli tam nemají nějakou mimořádnou situaci. Díky tomu se na seznam dostalo třeba Irsko: tam sice nemají nízkou kapacitu pro sekvenování, ale zaznamenali jsme tam velmi prudký nárůst případů, takže bylo nutné zjistit, jak je to s variantami, které v Irsku kolovaly.

A proč jste vybrali Česko?

Česká republika byla zatím během pandemie v podstatě v průměru všech zemí, které sekvenují a hlásí výsledky. Myslím, že je na patnáctém místě, pokud jde o počet nahlášených sekvencí – je tedy dokonale průměrná. Průzkum jsme dělali koncem loňského a také začátkem letošního roku a Česká republika byla jednou ze zemí, které naznačovaly, že opravdu potřebují pomoc s kapacitou sekvenování.

Kolik vás stojí jeden vzorek?

Stojí zhruba sto eur (2600 korun), a to včetně dopravy, sekvenování a procesů po dokončení sekvenování.

A kdo to platí? Daná země platí vždy za své vzorky?

Ne, tato smlouva je podpořena z rozpočtu ECDC, takže všechny tyto vzorky zaplatí EU. A Evropská komise může také slíbit, že to bude nadále podporovat a možná také rozšíří financování tohoto programu.

Česko tedy zaslalo vzorky v rámci tohoto sekvenačního programu ECDC. Jaké byly výsledky? Můžete se o ně podělit?

Vyšlo to dobře. Podařilo se nám osekvenovat vzorky, a známe tak výsledky. Chcete znát podrobnosti, které varianty jsme odhalili?

Ano, prosím, pokud ty informace máte.

V České republice existuje varianta B.1.258, která sice není jedinečná, ale pro Česko je charakteristická. Kolovala během podzimu, asi tak od srpna do listopadu a prosince a je velmi běžná v jiných zemích. Tato varianta není nijak zvláštní – není spojena se zvýšením závažnosti nemoci ani s žádnou jinou hrozbou, například se zvýšením přenosnosti. Teď ale vidíme, že od ledna a dále začala být nahrazována variantou B.1.17, což je varianta poprvé zjištěná ve Spojeném království, která je spojena se zvýšenou přenosností. Z těchto výsledků se tedy zdá, že Česká republika má stále více této varianty právě nyní, v prvních měsících roku 2021.

Když říkáte stále víc a víc – co to znamená? Můžete mi dát nějaké procento?

Ano, mohu. Zdá se, že podle vzorků, které jsme sekvenovali a které jsou z roku 2021 – to stále není tolik vzorků – se zdá, že zhruba polovina z nich, nebo téměř polovina, byla právě tato (britská) varianta.

A kolik je to vzorků? A ze kdy jsou ty vzorky? Z kterého měsíce?

Výsledky, které jsme zatím získali, jsou hlavně z ledna, takže se situace mohla od té doby trochu změnit. V seznamu vidím, že Česko zatím poslalo asi pět set vzorků. Ale ne všechny byly zpracovány, takže je to založeno na prvních 100 vzorcích.

Jak dlouho trvá sekvence od okamžiku, kdy dostanete vzorky do výsledku?

Máme týdenní přepravní program, takže každý týden nám z Česka a dalších zemí připraví vzorky a pošlou je v krabici se suchým ledem a pak týden poté dostanou výsledky. Takže v současné době je to asi týden od odeslání výsledků. Snažíme se, aby to bylo co nejrychlejší, ale jsou tu samozřejmě určité logistické postupy, které musíme dodržovat.

Doktorka Jiřincová nedávno uvedla, že mohly nastat nějaké problémy s první várkou, kterou Česko poslalo, kvůli stavu vzorků. Jak to dopadlo?

Ano, bylo tam několik vzorků, které neposkytly dobré výsledky z první várky, a myslím, že je to velmi časté, když začínáte s novým programem, občas jsou tam nějaké problémy se splněním kvalitativních kritérií. U těchto vzorků je nesmírně důležité, aby byly zmrazené, protože RNA, která se posílá, je velmi citlivá na teplotu – velmi rychle se rozloží, takže je důležité mít nepřerušený přepravní řetězec.

Je teď tento proces přepravy v pořádku?

Myslím, že ano – neviděl jsem sice výsledek poslední várky, která byla odeslána minulý týden, ale zdá se, že problémy byly vyřešeny. Jsme neustále v kontaktu se všemi zeměmi, které používají službu sekvenování, a také s dodavatelem, který sekvenování provádí. Máme týdenní workshop, kde si můžeme projít všechny problémy, se kterými jsme se setkali, a myslím, že všechny problémy s dopravou jsou už nyní vyřešeny.