Severní část Moravského krasu zkoumala skupina amatérských speleologů už na přelomu 50. a 60. let, pokoušeli se objevit pokračování jeskyně Plánivy. Mezi takzvané Plániváky patřili i bratři Šlechtové, pro které se průzkumy nakonec staly osudnými.
Jeskyňářům se nicméně při výpravách podařilo objevit další podzemní prostory. Cigánským závrtem pronikli 18. ledna 1969 do 90 metrů dlouhého dómu a za ním až k podzemnímu toku Bílé vody. Tak objevili jeskyni, kterou nazvali Amatérskou na počest všech dobrovolných průzkumníků. Nyní se nazývá Stará Amatérská jeskyně.
Další výzkum měl pokračovat o rok později. Ráno 29. srpna 1970 se Milan Šlechta a Marko Zahradníček ponořili do sifonu a úspěšně jej překonali. Kolem poledne ale začalo v severní části krasu intenzivně pršet. Podle odborníků byly podobné přívaly deště nevídané po celá minulá desetiletí, Punkva pod Macochou strhávala i zaparkovaná auta a před propadáním Bílé vody v Nové Rasovně stoupla hladina o více než deset metrů. Údajně se jednalo o padesátiletou vodu.
Kvůli neštěstí byl vstup do jeskyní přes dvacet let zakázán
Jeskyňáři se tedy rozhodli k návratu, vzápětí bylo ale přerušeno spojení s nimi. Nejspíš se snažili ukrýt v dvoumetrovém komínku ve stropě chodby, kde je zastihl příval vody. Po masivní záchranné akci, které se účastnily stovky lidí, byl nalezen 2. září jeden ze speleologů mrtev visící za přilbu, druhý ležel na dně chodby připoutaný ke svému druhovi lanem.
Tragédie měla obrovské důsledky pro amatérské speleology, kterým byl do Amatérské jeskyně na 23 let zakázán přístup. Členové České speleologické společnosti se mohli do jeskyně naplno vrátit až po změně společenských poměrů v roce 1992.
Amatérské jeskyně jsou nejdelším jeskynním systémem v Česku, celková délka propojeného systému je dnes více než 40 kilometrů. Amatérští i profesionální speleologové se již dávno pokoušeli objevit místa, kde vzniká říčka Punkva, přičemž se vědělo, že jejími zdrojnicemi jsou Sloupský potok a říčka Bílá voda. Ta se noří do podzemí v místě nazvaném Nová Rasovna nedaleko obce Holštejn.
Amatérské jeskyně byly od svého objevení postupně propojovány s dalšími v okolí, mezi něž patří i známé Punkevní jeskyně a propast Macocha. Vyvrcholením bylo v roce 2005 propojení Amatérské jeskyně s posledním velkým systémem v okolí, se Sloupsko-šošůvskými jeskyněmi.
První obětí z řad jeskyňářů při objevování Moravského krasu byl v roce 1941 speleolog Jan Němec, který zahynul v závalu v Kateřinské jeskyni.