Miloš Zeman před zvolením do funkce deklaroval, že milosti a amnestie považuje za „feudální přežitek“, proto by je neuděloval, případně by zvažoval jen žádosti nevyléčitelně odsouzených, kteří touží strávit naprostý závěr života doma. Dodával však, že by se odsouzený neměl dopouštět závažných trestných činů. Ve funkci nakonec podepsal šestadvacet milostí a mnohdy vlastní zásady porušil.
Bezprostředně po nástupu do funkce Zeman označil amnestii či milosti za zbytečné monarchistické prvky.
„Sám za sebe se těchto práv dobrovolně vzdávám a přál bych si, aby byla změněna Ústava takovým způsobem, aby jakýkoliv můj nástupce nemohl institut amnestie nebo milosti jakýmkoli způsobem zneužít,“ řekl na Hradčanském náměstí. Tuto proklamaci pak ještě připomněl ve vánočním poselství téhož roku, pro případnou milost ale přidal ještě třetí podmínku – zajištěné rodinné zázemí odsouzeného.
O zvážení podmínek požádala prezidenta Zemana v roce 2015 tehdejší ministryně spravedlnosti Helena Válková (ANO), neboť se jí zdály přísné a nemohla předložit téměř žádný návrh na udělení milosti. Zeman pak připustil možnost polevit v kritériích o zdravotním stavu nebo rodinného zázemí, zdůraznil však, že neustoupí od podmínky vylučující pachatele zvlášť závažného trestného činu.
Zeman za deset let v prezidentské funkci udělil celkem 26 milostí.
První milost přišla po třech letech ve funkci
První prezidentskou milost obdržel v únoru 2016 Pavel Mareš, který byl propuštěn pro svůj zdravotní stav do nemocničního ošetřování. Odsouzen byl na tři roky nepodmíněně za méně závažnou majetkovou trestnou činnost, konkrétně za 38 podvodů v podnikání, část trestu si odpykal.
Také ve druhém případě Zeman prominul zbytek jednoho trestu a tři další tresty ve výši zhruba devětadvaceti měsíců ze zdravotních důvodů. Milost udělil na základě podnětu ministra spravedlnosti Roberta Pelikána (ANO). Třetí milost udělil také ze zdravotních důvodů.
Následující čtyři prezidentské pardony byly zdůvodněny buď zdravotní indispozicí odsouzeného, nebo péčí o člena rodiny.
Případ Kajínek a první porušení vlastních podmínek
Velkou pozornost veřejnosti vzbudila Zemanova osmá milost, kterou udělil v květnu 2017 doživotně odsouzenému vrahovi Jiřímu Kajínkovi. Na rozdíl od ostatních milostí nebyl Kajínek nijak závažně nemocný, byl naopak potrestán za zvlášť závažný trestný čin. Udělení milosti vyvolalo společenskou diskuzi o další existenci a formě této pravomoci prezidenta.
Počátkem března 2018 prezident omilostnil muže, který při dopravní nehodě usmrtil svou manželku a syna. Podle vyjádření Hradu muž sice nesplňoval podmínku závažného zdravotního stavu, avšak Zeman jeho další potrestání vnímal jako nadbytečné a kruté. Odsouzený byl ve vězení za ohrožení pod vlivem návykové látky a za usmrcení z nedbalosti, Zeman mu zbytek trestu prominul. Přihlédl také k tomu, že má muž nezletilé dítě, které přišlo o matku a sourozence.
Desátou milost Zeman udělil v srpnu 2018 onkologicky nemocnému vězni, který byl potrestaný za zneužití pravomoci, maření úředního rozhodnutí a přijetí úplatku. O dva měsíce později obdržel milost handicapovaný muž, který přišel o obě nohy a měl si odpykat rok vězení. Zároveň zastavil jeho stíhání za neplacení výživného.
Milost za zachráněný život
Následující milost prezident udělil v lednu 2020, a to opět onkologicky nemocnému muži, který byl vícekrát nepodmíněně odsouzen za krádež a loupež. Z přípisu ministryně spravedlnosti vyplývá, že muž spáchal celkem 18 trestných činů včetně vraždy.
Své podmínky Zeman nerespektoval také v případě třinácté milosti, kterou udělil v březnu 2020 muži, jenž si odpykával dvouletý trest za zanedbání povinné výživy. Udělení milosti iniciovala tehdejší ministryně spravedlnosti Marie Benešová (za ANO). Omilostněný z příbramské věznice o ni sám v minulosti nežádal. Důvodem podle Zemana bylo, že omilostněný poskytnutím první pomoci zachránil život další osobě.
Ve stejném měsíci také udělil milost mladému muži, který se dlouhodobě léčí se závažným onkologickým onemocněním. Prominul mu dva tresty za méně závažnou trestnou činnost převážně majetkového charakteru.
Vlastní pravidla Zeman ohnul několikrát
V polovině prosince 2020 udělil Zeman milost znovu mimo podmínky, které si vytyčil. Obdržel ji Daniel Vlachynský, který byl odsouzen za výtržnictví a těžké ublížení na zdraví. Hlavními důvody podle Zemana bylo, že omilostněný zachránil tonoucí ženu, příkladně vykonával zaměstnání a až do spáchání činu vedl řádný život. Za návrhem milosti stála opět někdejší šéfka resortu spravedlnosti Marie Benešová (za ANO).
Koncem března 2021 bývalý prezident omilostnil onkologicky nemocného muže. Prominul mu zbytek nepodmíněného trestu vězení za loupež a nebezpečné vyhrožování. Omilostněnému už dříve soud kvůli vážnému zdravotnímu stavu výkon trestu přerušil, dotyčný byl počátkem 90. let odsouzen za vraždu. V rejstříku trestů má dalších sedm záznamů, mimo jiné za zpronevěru či ohrožování mravní výchovy. Měl si odpykat ještě 660 dní trestu odnětí svobody za loupež, při níž ohrožoval prodavačku jehlicí z deštníku.
Na začátku června 2021 prezident Zeman omilostnil muže odsouzeného za zanedbání povinné výživy, aby mu umožnil péči o nezletilou dceru, jejíž matka nedávno zemřela. Muž měl v rejstříku trestů osm záznamů. Vedle čtyřnásobného neplacení alimentů byl dříve odsouzen také za loupež, krádež a dvojí řízení bez řidičského oprávnění.
Dvacátou milost udělil Zeman v září 2021 Pavlu Podroužkovi, olomouckému podnikateli, který byl trestně stíhán za krácení daně, poplatku a podobné povinné platby, a zároveň mu prominul půlroční podmíněný trest za ohrožení pod vlivem návykové látky. Podroužek byl v minulosti už dvakrát odsouzen za trestnou činnost v silniční dopravě. Důvodem milosti byl jeho špatný zdravotní stav. Kancelář prezidenta republiky tehdy zprávu zveřejnila s pětidenní prodlevou.
Milost pro Baláka a stavební firmu
Loni v březnu rozhodl Zeman o prominutí trestu Miloši Balákovi, bývalému řediteli Lesní správy Lány. Balák odešel od soudu s nepodmíněným trestem odnětí svobody, peněžitým trestem a trestem zákazu činnosti. Balák netrpěl žádnou nevyléčitelnou nemocí, v procesu se navíc angažovala Kancelář prezidenta republiky i s jejím šéfem Vratislavem Mynářem.
Zeman Baláka obhajoval v médiích, označoval ho za bezúhonného člověka, s jehož prací je velmi spokojen. Samotné rozhodnutí o milosti zdůvodnění neobsahuje. Mluvčí Hradu Jiří Ovčáček ve vyjádření na webu uvedl, že „prezident dospěl k závěru, že pro přísné odsouzení nebyla zřejmě rozhodná povahu činu, ale i to, kde odsouzený pracuje, což je hledisko, které trestní právo nezná“.
V listopadu 2022 udělil Zeman tři milosti v jedné trestní kauze, když manželům Kordysovým a jejich společníkovi prominul nevykonané zbytky nepodmíněných trestů odnětí svobody, trest vyhoštění z území Česka na dobu neurčitou a tresty propadnutí věci, obdobný trest prominul i jejich společníkovi. Polští manželé byli odsouzeni za trestný čin nedovolené výroby a jiného nakládání s omamnými a psychotropními látkami a jedy k osmi letům vězení, v minulosti prováděli rituály se silně psychotropním nápojem ayahuasca.
Omilostnění se dočkala také manželka bývalého premiéra Jana Nečasová (dříve Nagyová), když jí Zeman prominul zbytek zkušební doby podmíněného trestu uloženého v kauze zneužití Vojenského zpravodajství. Nagyová podle vyšetřovatelů nechala odposlouchávat Nečasovu bývalou manželku. Prezidentský pardon se nevztahuje na trest zákazu činnosti. Zeman se rozhodl zmírnit Nečasové trest kvůli uplynutí deseti let od spáchání skutků a pro její řádný život.
Poslední milost Zeman udělil v samém závěru prezidentského mandátu firmě Energie - stavební a báňská (ESB), které soud na tři roky zakázal účast ve veřejných zakázkách v kauze ovlivňování zakázky v Lánské oboře. Firma dle vlastního vyjádření o milost nežádala. Zeman podle svého mluvčího přihlédl k tomu, že trest údajně nepříznivě dopadá především na zaměstnance firmy a společnost už vykonala „významnou část trestu“.
