Jako by člověk sledoval molekuly mikroskopem. Brněnští vědci nadchli svět efektním programem

Nový počítačový program, který dává uživateli pocit, že pozoruje svět virtuálním mikroskopem, vyvinul David Sehnal ze Středoevropského technologického institutu (CEITEC MU) v Brně. Program LiteMol suite umožňuje interaktivní zobrazení struktury některých molekul i jejich extrémně velkých, biologicky funkčních souborů.

Sehnal působí ve výzkumné skupině Jaroslava Koči, která se mimo jiné dlouhodobě zaměřuje na strukturní bioinformatiku. Na konečné podobě softwaru spolupracovali vědci z Univerzity Palackého v Olomouci a Evropské molekulárně-biologické laboratoře. Informace o LiteMol suite přinesl v prosincovém čísle odborný časopis Nature Methods.

Video Virtuální mikroskop z Brna
video

Virtuální mikroskop z Brna

Tento program vědcům například umožňuje studovat, jak se léčiva vážou na receptory, nebo ukázat atom železa v hemoglobinu. Struktury dokáže nejen interaktivně zobrazovat, ale také na ně navázat důležité informace. Jde třeba o experimentální data nebo různé podstatné údaje, třeba o místech častých mutací. Díky tomu lze například zkoumat, kudy proniká léčivo do aktivní části molekuly nebo jak virus rozpozná hostitelskou buňku.

Software je volně dostupný a vědecká komunita ho už využívá. Stal se například vizualizačním nástrojem v databázi Protein Data Bank (PDB), v níž vědci shromažďují data o biomakromolekulárních strukturách. Program je integrovaný do evropské PDB, v budoucnu se uvažuje o jeho rozšíření i do americké a japonské databanky. LiteMol suite už zapracovali také do softwarových nástrojů provozovaných prestižními pracovišti ve Švýcarsku a Francii.

Software je plně funkční nejen na počítači, ale také na mobilních zařízeních. Jak totiž sami vědci tvrdí, ty nejlepší nápady je často napadají na konferencích nebo ve volném čase. Může si ho ale vyzkoušet nejen vědecká komunita, ale také veřejnost – je volně přístupný zde.