Zastánci zdanění náhrad, které církve od státu každoročně dostávají, argumentovali jejich nadhodnocením a nerovností s ostatními restituenty. Stát by mohl podle předkladatelů z KSČM získat zpět zhruba 380 milionů korun z přibližně dvou miliard korun, které církvím na náhradách majetku ročně vyplácí.
Komunistům podle jejich oponentů nejde o zdanění církví, ale o vyvolání pocitu, že si církve majetek nezaslouží a že jej dostaly moc. Zdanění náhrad církvím je jednou z podmínek KSČM pro toleranci menšinové vlády ANO a ČSSD.
Restituční zákon schválený za bývalé vlády premiéra Petra Nečase (ODS) počítal s tím, že církve dostanou od státu nemovitý majetek v hodnotě zhruba 75 miliard korun. Za nemovitosti, které se podle zákona nevydávaly, mají církve během 30 let získat 59 miliard korun navyšovaných o inflaci.
Náhrady jsou vypláceny od roku 2013. Zákon ale také fakticky znamená odluku státu a církví. Dosavadní příspěvky státu na jejich činnost se postupně snižují až na nulu v roce 2030. Předsedové České biskupské konference Dominik Duka, Ekumenické rady církví Daniel Ženatý a Federace židovských obcí Petr Papoušek ve společném prohlášení minulý týden uvedli, že zdanění finančních náhrad způsobí církvím vážné finanční obtíže, a pro některé menší může být dokonce likvidační. Novelu považují za nemravnou a protiústavní.