Čič vstoupil do politiky už za socialismu. Byl ministrem spravedlnosti ve slovenské vládě v letech 1988 až 1989, kdy skončili ve vězení známí slovenští disidenti Ján Čarnogurský a Miroslav Kusý. Po politických změnách v Československu se Čič v prosinci 1989 stal slovenským premiérem a tuto funkci vykonával do 27. června 1990. Krátce byl i slovenským ministrem vnitra, v letech 1990 až 1992 poslancem Federálního shromáždění, v roce 1992 místopředsedou poslední federální vlády Jana Stráského a zároveň předsedou Federálního úřadu pro hospodářskou soutěž.
V letech 1993 až 2000 předsedal slovenskému ústavnímu soudu, v roce 2000 se neúspěšně pokusil o návrat do politiky ve Straně demokratického středu. V roce 2001 se neúspěšně ucházel o funkci župana Bratislavského kraje (hejtman) a v roce 2006 o funkci soudce Ústavního soudu SR. Od roku 2004 vedl prezidentskou kancelář.
Sám Čarnogurský považuje vztahy s Čičem za korektní, i když se Čič později přidal k Vladimíru Mečiarovi. „Tím se Milan Čič vyznačoval po celý život - vždy patřil k vládnoucímu seskupení, ale nikdy se osobně neangažoval při potlačování oponentů, lidských práv a podobně. Tím možná napomáhal hladkému přechodu od jedné moci ke druhé,“ prohlásil Čarnogurský podle deníku Sme.
Prezident Václav Klaus Čiče v kondolenčním dopise svému slovenskému partnerovi Ivanu Gašparovičovi označil za „velkou osobnost slovenské politiky a právní vědy“, která přispěla k dobrým vztahům mezi Českou republikou a Slovenskem i po rozdělení federace. „Obdivoval jsem jej, že i poté, co skončil ve funkci prvního předsedy Vašeho Ústavního soudu, nezamířil na odpočinek, ale stál Vám po boku po celých posledních osm let jako vedoucí Vaší kanceláře,“ napsal Klaus.
