Ministerstvo obrany (původní návrh 46,1 miliardy)
Obrana dostane příští rok o 1,5 miliardy víc, peníze půjdou zejména na nábor 1200 nových vojáků. Ministerstvo obrany ale požadovalo navýšení o 2,1 miliardy. Vládní koalice se loni shodla, že do roku 2020 by se rozpočet obrany měl dostat na 1,4 procenta HDP. Podle ministra obrany Martina Stropnického (ANO) to znamená, že v roce 2017 by mělo na armádu ze státního rozpočtu jít 53 až 54 miliard a o rok později asi 60 až 61 miliard korun.
Ministerstvo vnitra (původní návrh 55,8 miliardy)
Rozpočet ministerstva vnitra se oproti původnímu návrhu zvýší o tři miliardy. Ministr Milan Chovanec (ČSSD) chtěl původně navýšení o více než čtyři miliardy, s Babišem se ale nakonec dohodl na zhruba dvou miliardách na rozvoj policie a hasičů, zbylá miliarda půjde na řešení uprchlické krize.
Ministerstvo pro místní rozvoj (původní návrh 3,2 miliardy)
Resort ministryně Karly Šlechtové (ANO) dostane o 3 miliardy navíc. Šlechtová ale podle svých slov nedostala ani korunu na spolufinancování Integrovaného regionálního operačního programu, kde jí chybí zhruba miliarda. S Babišem chce proto znovu jednat.
Ministerstvo dopravy (původní návrh 28,9 miliardy)
Ministrovi Danu Ťokovi (nestr. za ANO) se nejprve podařilo vyjednat tři miliardy do Státního fondu dopravní infrastruktury (SFDI). A později další 2,1 miliardy. Přesto mu ještě jedna miliarda chybí. „Jsme schopni dát peníze do SFDI na nové akce (stavby). Nepokryje to všechny požadavky. Já věřím, že o tu miliardu budeme bojovat při zasedání vlády,“ uvedl.
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (původní návrh 131,1 miliardy)
Přidáno dostane také ministerstvo školství - především na výdaje na sport a na vysoké školy. Před seškrtáním peněz pro vysoké školy již dopředu varovali rektoři univerzit, a ministryně školství Kateřina Valachová (nestr. za ČSSD) tak nakonec získala další dvě miliardy. Spolu s už přislíbenými penězi na 30 tisíc nových žáků si tedy školství oproti původnímu návrhu rozpočtu polepší o 3,5 miliardy.
Ministerstvo práce a sociálních věcí (původní návrh 536,2 miliardy)
Ministryně Michaela Marksová (ČSSD) bude ještě s Andrejem Babišem jednat, a to konkrétně o zvýšení penzí o 200 korun. Ten v minulosti takové zvýšení odmítl, ale podle premiéra Bohuslava Sobotky (ČSSD) je růst penzí o 200 korun pro sociální demokracii rozpočtovou prioritou, a tak bude o konečné podobě penzí koalice ještě jednat. Vláda už rozhodla o zvýšení minimální mzdy o 700 korun na 9900.
Ministerstvo zemědělství (původní návrh 17,2 miliardy)
Podle návrhu státního rozpočtu by mělo ministerstvo zemědělství příští rok omezit své výdaje o 1,2 miliardy korun. Resort však pravděpodobně dokáže se 17,2 miliardy vyžít, ačkoliv se bude snažit svůj rozpočet ještě o něco navýšit.
Ministerstvo zdravotnictví (původní návrh 5,7 miliardy)
Resort zdravotnictví hospodaří v roce 2015 s 6,5 miliardy, příští rok by však měl dostat pouze 5,7 miliardy. To podle ministerstva nestačí na nutné investice. Žádost ministra Svatopluka Němečka (ČSSD) o navýšení rozpočtu ale Andrej Babiš odmítl. Namísto požadovaných 3 miliard má zatím Němeček slíbeny řádově stovky milionů. Plánuje se však obrátit na vládu.
Ministerstvo průmyslu a obchodu (původní návrh 21,8 miliardy)
1,25 miliardy korun získal ministr průmyslu Jan Mládek (ČSSD), mimo jiné na zahlazení následků hornické činnosti. Navyšovat se ale muselo i kvůli podpoře obnovitelným zdrojům, a to o 4,7 miliardy. I přes navýšení rozpočtu ministerstva nicméně stále podle Mládka zůstává nedořešených padesát milionů korun, které resort potřebuje, aby mohla správně fungovat Česká obchodní inspekce (ČOI).
Ministerstvo kultury (původní návrh 10,5 miliardy)
Resort kultury dostane z rozpočtu 750 milionů korun navíc. Více spokojený by sice šéf resortu kultury Daniel Herman (KDU-ČSL) byl, kdyby konečná suma peněz pro rok 2016 „oscilovala kolem 12 miliard korun“. Nicméně věří, že částka ještě není konečná.
Ministerstvo životního prostředí (původní návrh 5,2 miliardy)
Ministr životního prostředí Richard Brabec (ANO) dostane pro příští rok do rozpočtu svého resortu 250 milionů korun navíc. Povedlo se mu tak získat celou částku, kterou od ministra financí požadoval.
Ministerstvo spravedlnosti (původní návrh 23,4 miliardy)
Ministr Robert Pelikán (nestr. za ANO) dostal pro svůj resort zhruba miliardu navíc. Pelikán původně přišel s požadavkem na přidání dvou miliard korun. Po schůzce ale působil spokojeně. To, zda se částku bude snažit navýšit ještě dalším vyjednáváním, si prý rozmyslí.
Po restrukturalizaci rozpočtu dostaly resorty stovky milionů korun navíc.