277 tisíc pocházejících z programu Zajištění bezpečnosti železničního provozu a cestujících České dráhy údajně daly na rekonstrukci provozovny rychlého občerstvení, 150 tisíc šlo na návrh umístění historické výhybky.
Ještě hůře ale s prostředky nakládá Správa železniční a dopravní cesty. Nejvyšší kontrolní úřad odhalil, že peníze určené na zvýšení bezpečnosti použila na stavbu několika objektů, které poté převedla v rozporu se smluvními podmínkami do majetku třetích osob. Celkem šlo o sedm milionů korun.
Nedostatky ve využití přidělených finančních prostředků jsou podle úřadu způsobeny tím, že nebyla k dispozici analýza bezpečnostních rizik na železnici. „V letech 2004 až 2007 ministerstvo dopravy ani Správa železniční dopravní cesty nevypracovaly takovou analýzu rizik, která by mohla řádně zdůvodnit opatření k odstranění hlavních negativních vlivů na bezpečnost a která by mohla zajistit potřebné zdroje financování na jejich realizaci,“ konstatoval úřad ve své zprávě.
Nejvyšší kontrolní úřad ale má na hospodaření obou státních podniků i celou řadu dalších výtek. Patří k nim například navyšování nákladů na různé projekty nebo nedodržování stanovených termínů.