Sporným jádrem jednání o energeticko-klimatického balíčku je systém emisních povolenek. Podle původního návrhu by znečišťovatelé ovzduší museli nakupovat všechny povolenky hned od roku 2013. To se ale nyní kvůli tlaku některých zemí závislých na uhlí pravděpodobně změní.
„Energetický sektor bude mít část povolenek zdarma, takže v roce 2013 by mohly být rozděleny povolenky až na 70 procent hrubé národní spotřeby elektřiny,“ uvedl premiér Mirek Topolánek.
Zatím je pravděpodobné, že velcí znečišťovatelé dostanou 70 procent povolenek zdarma a všechny budou nakupovat až od roku 2019. Tím se otupil odpor Polska, které nemá jadernou elektrárnu a elektřinu vyrábí hlavně z uhlí. Závislá na uhlí je i Česká republika, která nynější návrh na postupný náběh nákupu povolenek podporuje. Náměstek ministra pro evropské záležitosti Marek Mora tvrdí, že pokud bude dohoda uzavřena ve znění, v jakém je nyní „na stole“, nebude představovat klimatický balíček pro český průmysl významnou zátěž.
To, že se EU blíží k dohodě, připustila i Itálie. Ta původně vyhrožovala vetem a žádala úlevy, není podle ní totiž vhodné taková opatření zavádět v době ekonomické krize.
Podle Václava Lebedy ze společnosti Evropské hodnoty mohou doposud překvapivě hladce probíhající jednání zkrachovat na detailech. Co se klimatického balíčku týče, může jít například o způsob financování takzvaného fondu pomoci státům východní Evropy, který jim má zvýšené náklady na výrobu elektřiny kompenzovat.