Nicméně mezi hlavní priority českého předsednictví patří zejména konkurenceschopnost a otevřenost. ČR se chce zaměřit na odstranění překážek na volném trhu práce, jež stále uplatňují některé staré členské země, či na znovuotevření debaty o liberalizaci služeb, zjednodušování regulace a snížení administrativní zátěže podnikání.
Prioritou je též udržitelný a bezpečný rozvoj energetiky. Česko bude muset dojednávat mezinárodní dohodu, která od roku 2012 nahradí Kjótský protokol a která by měla být uzavřena v prosinci 2009 na summitu OSN v Kodani. Do července příštího roku má být totiž hotov první návrh textu této nové klimatické dohody. Za českého předsednictví by se měla též dohodnout Rada EU s Evropským parlamentem o liberalizaci trhu s plynem a elektřinou.
V zahraniční politice nebude mít Česko jednoduchou pozici. Těsně po vánočních svátcích se totiž opět rozhořel blízkovýchodní konflikt. Česko povede unii právě v době, kdy se očekává, že by se unie mohla podílet na uklidnění situace. Do období českého předsednictví spadá i klíčová (možná i závěrečná) část vstupních rozhovorů s Chorvatskem. Česká politická reprezentace se chce rovněž prosadit na poli vztahů unie s Kubou - hodlá uspořádat mezinárodní konferenci zaměřenou zejména na lidská práva na Kubě. Nakonec by také ráda v Praze hostila neformální setkání šéfů států a vlád EU s americkým prezidentem Barackem Obamou.
Kdo se bude podílet na předsednictví a za kolik
Přípravu předsednictví koordinuje Útvar místopředsedy vlády pro evropské záležitosti v čele s Alexandrem Vondrou. Velká část organizace předsednictví spadne na bedra Stálého zastoupení ČR při EU v Bruselu, jež vede od ledna Milena Vicenová.
Pro potřeby předsednictví posílila ČR státní správu o 365 osob. Nejvíce lidí přibylo na ministerstvu zahraničí a na ministerstvu zemědělství. Počet úředníků na Stálém zastoupení ČR při EU se téměř zdvojnásobil na 220. Nová úřednická místa se mají od druhé poloviny roku 2009 postupně snižovat a do konce roku 2009 mají být zrušena.
Celkové náklady českého státu na přípravy a průběh českého předsednictví v letech 2007 až 2009 činí 3,3 miliardy korun, z toho 1,4 miliardy dají ministerstva ze svých rozpočtů. V roce 2009 půjde na předsednictví ze státní pokladny asi 1,7 miliardy korun, z toho největší část bude mít k dispozici ministerstvo zahraničí (435 milionů), které dá většinu těchto peněz na personální posílení zastoupení ČR v Bruselu.
Heslem předsednictví ČR je „Evropa bez bariér“ a oficiálním logem je pestrobarevná zkratka EU2009.cz, která odkazuje na internetovou doménu českého předsednictví.
