Sám prezident Václav Klaus se s primátorem Prahy rozloučil slovy: „Pane primátore, já vám moc děkuji za to, co jste pro Prahu vykonal.“
Bém byl médii často kritizován za své úzké vztahy s podnikatelem a lobbistou Romanem Janouškem. V roce 2008 se dokonce objevily informace o tom, že oba vyšetřuje policie, což jak Bém, tak šéf protikorupční policie odmítli. Bém vždy odmítal, že by Janoušek měl na jeho rozhodování ve funkci primátora či městské obchody nějaký vliv, podle Béma je Janoušek pouze „kamarád, se kterým hraje tenis“. Nicméně již v roce 2010 server Aktuálně.cz zveřejnil slovníček pojmů z pražského prostředí, kde se objevilo pro Janouška označení Voldemort. Nakonec kariéru Pavla Béma pravděpodobně ukončí úniky odposlechů, které v posledních dnech zveřejnila Mladá fronta Dnes.
