„Pan Němec mě požádal, abych mu po dobu, než přijde nový ministr, pomáhal,“ potvrdil Dobeš informaci serveru iDnes.cz. Zároveň ale popřel, že by měl poradce náměstka řídit. Exministr se vrátil do resortu už v pondělí 2. dubna na částečný 0,3 úvazek. Němcovi, který měl dříve na starosti regionální školy, radí ohledně vysokých škol, fondů, sportu a chodu úřadu. Němec dodal, že kromě Dobeše si nechal jen několik poradců, zbytek kvůli úsporám propustil.
Radek Melichar, mluvčí resortu: „Bývalý ministr školství pracuje na předávání veškeré rozsáhlé agendy, kterou do svého odchodu nestihl vyřešit. Angažmá Josefa Dobeše je plně v kompetenci prvního náměstka Ladislava Němce.“
„Je zcela absurdní, aby se Josef Dobeš, za jehož působení došlo k rozkladu oblasti školství, zkrachovalo čerpání evropských peněz, byly realizovány předražené a chybné státní maturity, přistupovalo se k omezování akademických svobod, destruovalo se regionální školství a nakonec došlo k jedné z největších studentských demonstrací, jakkoli dál podílel na chodu ministerstva školství,“ napsal senátor a stínový ministr školství Marcel Chládek (ČSSD). Vyzval proto premiéra Petra Nečase, aby takovéto ohrožení školství nedopustil.
Dobeš se rozhodl rezignovat na konci března. Zdůvodnil to nesouhlasem se škrty v rozpočtu svého úřadu. Spolustraníkům pak vyčetl, že ho ve vládě nepodpořili v odporu proti škrtům ve školství a dali přednost svým židlím před programem strany. Prezident Václav Klaus přijal Dobešovu demisi 30. března. Dobeš pak oznámil, že se během měsíce rozmyslí, zda bude pokračovat ve Věcech veřejných a ve sněmovně.
Po Dobešově odchodu dlouho volala i odborná veřejnost a někteří koaliční politici. Jeho úřad má vážné problémy s čerpáním evropských dotací, exministr se dostal do sporu například i kvůli působení kontroverzního úředníka Ladislava Bátory.
