Vladimír Marek vystudoval DAMU, léta hrál v loutkohereckém divadle Drak v Hradci Králové. Od roku 1991 měl angažmá v pražském Divadle Na zábradlí, kde vystupoval třeba v Havlově Pokušení, nebo v Čechovově Strýčkovi Váňovi. Na zábradlí nehrál hlavní role, přesto byl výraznou postavou souboru, jak pod režisérem Janem Grossmanem, tak Petrem Léblem. V divadle skončil v roce 2010.
Často připravoval i vlastní inscenace. V roce 2013 měl premiéru projekt Salome, který s Markem nastudoval režisér Daniel Špinar. Marek v něm přišel s novým pohledem na Salome jako zosobnění ženské smyslnosti. Původně chtěl vyjít z romantického dramatu Oscara Wilda, nakonec si jen půjčil citace, které převedl do veršů. Některé monology proto i zazpíval. Svůj mnohostranný talent uplatnil v činohře, tanci i zpěvu, využil loutky, došlo na parodii i filmové dotáčky.
Ve filmu ho jeho zjev jako by předurčoval spíše pro záporné postavy, takovou byla třeba role mafiánského bosse v Perníkové věži. Do jedné z jeho prvních televizních rolí ho obsadila režisérka Jitka Němcová, když v inscenaci Taneční zábava z roku 1990 vyvolala v divácích iluzi skutečného přepadení televize v přímém přenosu. Po běžném ohlášení pořadu Marií Tomsovou vpadl do studia tehdy neznámý herec Marek a hlasatelku si vzal jako rukojmí. Později se sice na obrazovce objevila zpráva o tom, že nejde o skutečné přepadení, to už ale mystifikaci podlehly stovky diváků, kteří volali do televize, co se děje.
Vladimír Marek ztvárnil také množství muzikálových rolí na scénách Divadla Ta Fantastika a Hybernia. Mezi jeho nejvýraznější role patřil Šašek/Vypravěč v Johance z Arku nebo čaroděj Merlin v Excaliburu. Účinkoval i v muzikálech Cabaret nebo Kvaska.