Už letos v lednu Seehofer během slavnostního projevu v mnichovské sudetoněmecké centrále řekl, že chce společně se sudetskými Němci prohloubit a rozšířit vztahy s Českou republikou, kterou hodlá také navštívit. Za vlády premiéra Edmunda Stoibera (1993-2007) byly česko-bavorské vztahy chladné hlavně kvůli jeho požadavkům na zrušení Benešových dekretů - za čtrnáct let proto Stoiber Česko oficiálně nenavštívil. Během krátké vlády to nestihl ani jeho nástupce Günter Beckstein.
Před necelými dvěma týdny se Seehofer sešel s českým prezidentem Václavem Klausem, který byl na dvoudenní návštěvě Bavorska a převzal v Mnichově Zlatou Peutingerovu medaili. Ocenění „antievropana“ krátce před volbami do Evropského parlamentu ale podle německých médií vyvolalo v CSU rozpaky, proti vyznamenání českého prezidenta se kvůli jeho kladným postojům k Benešovým dekretům postavili i sudetští Němci.
Peutingerovo kolegium se zasazuje o rozvoj demokratické a právní státnosti, svobodného tržního hospodářství a porozumění mezi státy a regiony Evropy i světa. Organizace nese jméno německého kupce a učence Konrada Peutingera, (1465-1567). Na jeho myšlenky později navázali zastánci svobodného tržního hospodářství.
Seehofer vyznamenal výtvarníka Steigera Řádem za zásluhy
Seehofer dnes jménem německého prezidenta předal jedno z nejvyšších vyznamenání Spolkové republiky Německo - kříž se stuhou Řádu za zásluhy - slavnému výtvarníkovi českého původu Ivanu Steigerovi, který do Německa emigroval v roce 1968. Proslavil se především jako karikaturista a kmenový autor listu Frankfurter Allgmeine Zeitung.