Gotovina a Markač byli souzeni jako velící důstojníci operace Bouře, jež byla namířena proti chorvatským Srbům. Při této akci v srpnu 1995 chorvatská armáda dobyla zpět samozvanou Republiku srbská Krajina, kterou vyhlásili Srbové po jednostranném odtržení Chorvatska od Jugoslávie v roce 1991. Při ofenzivě bylo zabito nejméně 150 srbských civilistů a 150 000 až 200 000 jich bylo nuceno uprchnout.
Srbská prokuratura oznámila, že do Haagu byla odeslána oficiální prosba o nahlédnutí do důkazů, které byly v procesu s Gotovinou a Markačem předloženy. Srbsko zahájilo své vlastní vyšetřování, které má odhalit viníky za válečné zločiny, k nimž podle Bělehradu během operace Bouře došlo.
Chorvatsko osvobozující rozsudek bouřlivě oslavovalo. Byl označen za potvrzení toho, že obětí válečného konfliktu byli Chorvati. Srbský prezident Tomislav Nikolić naopak označil osvobozující verdikt za „politické rozhodnutí, které nepřispěje k uklidnění situace v regionu a otevře staré rány“.
Pětičlenný odvolací tribunál ICTY dal většinou tří hlasů za pravdu obhajobě, podle které vojenská operace byla legitimním aktem obrany; soud zároveň dospěl k závěru, že nebylo prokázáno, že by se chorvatské armádní velení podílelo na zločinném spolčení s cílem vyhnat Srby.