Nejvyššímu správnímu soudu nejvíce vadilo to, že zákon nestanovoval žádnou lhůtu pro podání návrhu na zrušení územního plánu. Teoreticky tak soud mohl zasáhnout do územní dokumentace řadu let po jejím schválení, což podle NSS odporuje principu právní jistoty. V novelizovaném znění zákona je už teď zakotvena tříletá lhůta pro podání návrhu.
Další problém spočíval v tom, že všechny návrhy na zrušení opatření obecné povahy řešil v prvním stupni Nejvyšší správní soud a obával se kvůli tomu svého zahlcení. Po novele řeší návrhy nejdřív krajské soudy a NSS rozhoduje až ve druhé instanci.
Nejvyšší správní soud podal návrh na zrušení právní úpravy soudního přezkumu až po několika letech, kdy podle ní běžně rozhodoval. Příčinou se stala kauza Strojmetalu Kamenice. Firma chtěla stavět výrobnu hliníkových tyčí a podala kvůli tomu návrh na zrušení změny územního plánu, která tehdy platila asi pět let.
