Hydrometeorologický ústav rovněž nesprávně nakládal s majetkem, a tím podle NKÚ porušil zákon o majetku České republiky a jejím vystupování v právních vztazích. „ČHMÚ před prodejem majetku neověřil zájem jiných organizačních složek státu a nedoložil doklady prokazující, že je ze všech okolností zřejmé, že organizační složky či státní organizace nemohou tento majetek potřebovat a ani veřejný zájem nevyžaduje jeho ponechání ve vlastnictví ČR,“ uvedli kontroloři.
Ústav podle svého ředitele Václava Dvořáka už přijal nápravná opatření, například byl upraven předpis a metodika účetnictví. „Ze závěrů kontroly nevyplynul žádný podnět pro finanční úřad či jiné státní orgány a nebylo zjištěno porušení rozpočtové kázně ve smyslu ustanovení rozpočtových pravidel,“ upozornil ale Dvořák.
Hodnota kontrolovaného majetku za roky 2010 a 2011 činila více než 1,7 miliardy korun a objem kontrolovaných finančních prostředků téměř 335 milionů korun. Kontrolu prováděl NKÚ od června do listopadu 2012.
ČHMÚ je zřizován ministerstvem životního prostředí. Ústav vydává kromě předpovědí počasí a hydrologických předpovědí také údaje o stavu ovzduší a varování v případě blížícího se extrémního počasí, například silného deště, větru nebo sucha.
Podle NKÚ byly v roce 2011 hydrometeorologickému ústavu sníženy výnosy z transferů, tedy příspěvky a dotace na provoz od zřizovatele, o 96 milionů korun (o 16,2 procenta). Ve stejném období vzrostly výnosy z prodeje služeb o 23,7 milionů korun, (o 13 procent), a ostatní výnosy z činnosti o 1,5 milionu korun (o 22,9 procenta).