Už v době uznávání nezávislosti byl kritizován fakt, že oba tyto státy nemají vyřešeny vnitrostranické etnické spory. „Uznání Chorvatska a Slovinska vedlo k tomu, co se stalo v první polovině 90. let na území tehdejší Jugoslávie - krvavá řež především v Bosně a Hercegovině. Krveprolití bylo důsledkem separatistických snah následnických národů bývalé Jugoslávie,“ uvedl ve vysílání ČT24 redaktor deníku E15 Martin Ježek.
„Západní diplomacie se evidentně rozhodly, že Jugoslávie jako státní útvar je přežitek a že je potřeba vytvořit něco jiného - národní státy,“ popsal Ježek. Ve Slovinsku dnes žije drtivá většina Slovinců, z Chorvatska se stal etnicky vyčištěný homogenní stát.
Martin Ježek o nezávislosti Slovinka a Chorvatska
Slovinsko a Chorvatsko jsou stále ve sporu o mořskou hranici. Slovinsko má na Jadranu asi jen 40 kilometrů pobřeží, které přitom od severu omezují „pobřežní vody“ a rybolovné nároky Itálie a od jihu stejné nároky Chorvatska. Slovinské lodě by tak musely zejména z Piranského zálivu vyplouvat přes chorvatské vody, což by mohlo znamenat, že Záhřeb může slovinský lodní provoz kdykoli zablokovat.
Slovinsko dokonce vyhrožuje, že bude dál vetovat vstupní jednání Evropské unie s Chorvatskem. Po českém předsednictví chce, aby bralo jeho stanovisko v hraničním sporu s Chorvatskem vážně.
Slovinsko v 90. letech dojednalo s Chorvatskem volný koridor přes chorvatské vody za ústupky v jiných částech sporné pozemní hranice. Slovinský parlament dohodu schválil, chorvatský nikoli. Od té doby v Lublani převládl dojem, že Záhřeb se chová mocensky arogantně: považuje slovinské ústupky na souši za „hotové“ bez ohledu na to, že sám na moři ustoupit nehodlá.
