Bylo to v době hluboké církevní krize, papežského schizmatu a počínající reformace. Přímou souvislost s boji uvnitř katolické církve mělo i jednání krále, přejícího církevním reformám. Václav IV. podporoval svolání koncilu v Pise, který měl ukončit „dvojpapežství“, avšak pražský arcibiskup Jan z Jenštejna byl proti. Když král dal tento spor rozhodnout univerzitě, podpořili ho jen čeští mistři. Nečeské národnosti s převahou Němců se svými (do té doby) třemi hlasy se postavily proti. Krále, rozzlobeného tímto hlasováním, pohnuli k vydání Kutnohorského dekretu hlavně univerzitní mistři Jeroným Pražský a Jan Hus. „Byl to dekret revoluční, odpovídající sice dané náladě na univerzitě, ale nepromyšlený,“ podotýká ve své „Válce Čechů s Němci“ filosof Emanuel Rádl. Král podle něj neměl právo zasahovat do univerzitních privilegií a vydávat dekret, který byl cizinou pokládán za „destructio studii pragensis“. Přímým důsledkem tohoto „aktu násilí“ (Rádl) bylo znacionalizování univerzity. Prvním českým rektorem počeštěné univerzity byl v říjnu 1409 zvolen Mistr Jan Hus. Do konce téhož roku univerzitu na protest opustilo zhruba dva tisíce německých mistrů a studentů, kteří dali přednost nové univerzitě v Lipsku.
Tento vývoj značně oslabil prestiž pražské univerzity a přinesl Čechům škody kulturní a hospodářské. Z Karlova vysokého učení, založeného v r. 1348 jako univerzální a internacionální instituce, se stal ústav zemského významu. Zato superiorita českého živlu na univerzitě byla zaručena a český nacionalismus, který se vyvinul převážně z metafyzických sporů, se odtud šířil do všech vrstev společnosti. Univerzita jako nejvyšší teologická autorita ovlivňovala politická rozhodnutí krále a vydávala i oficiální česká stanoviska k problémům složité doby. Někteří univerzitní mistři svými proticírkevními postoji přispívali k revoluční náladě a po upálení Mistra Jana Husa pražská univerzita byla i aktivní složkou husitského hnutí.
Proslulá husitská tažení za „opravu církevních zlořádů“, spojená s krvavými masakry a ničením kulturních hodnot, se stala nejen postrachem Evropy, ale i předehrou dalších náboženských válek. Ukázala ovšem také sílu revoluční myšlenky a nadlouho upevnila nadnesené mínění českého národa o sobě samém. Jenomže univerzita od r. 1415, kdy se postavila proti radikálním Táboritům, postupně ztrácela vliv i vědeckou autoritu. Přicházela o jednu fakultu za druhou: v r. 1419 o teologickou, v r. 1436 o právnickou, později zanikla lékařská fakulta a zůstala jen filosofická. V r. 1556 byla založena konkurenční jezuitská univerzita, kde Češi nejen neměli tři hlasy, ale dokonce ani jeden, a navíc ani žádného profesora. „Jaká to odpověď na Dekret kutnohorský!“, poznamenává Emanuel Rádl.
Nicméně české úsilí o vymanění z cizího vlivu, vyjádřené před šesti stoletími Kutnohorským dekretem, přetrvalo Bílou Horu i protireformaci a silně ovlivnilo středoevropskou historii také v novověku. První Československá republika chtěla být demokratickým státem, ale v národnostní otázce byla výrazem snahy o vypořádání především s německým a maďarským živlem, poraženým v první světové válce. ČSR byla vítěznými mocnostmi uznána v „historických hranicích zemí Koruny české“, ovšem včetně území, jež německé a maďarské „menšiny“ v počtu čtyř milionů (čtvrtina obyvatel nového státu) dlouhodobě obývaly. Z obavy, aby se čerstvě založená Masarykova a Benešova republika opět nerozpadla, byli čeští Němci diskriminováni už nepřizváním k rozhodování v nevoleném Národním shromáždění. Byl to základ dalších problémů. „Německo bude jistě opravovat mír Versailský a ve světě nebude proti tomu protestu; Rakousko se spojí s Německem; koridor gdaňský bude zrušen, národnostní princip, kterým se bojovalo proti Německu, bude zbraní v rukou německých,“ prorokoval Rádl. Znevýhodňování menšin v duchu odčinění „doby temna“, ať už to byla pozemková reforma, zákon o státním jazyce nebo řešení dopadů hospodářské krize, ovšem pokračovalo. Výsledek parlamentních voleb v r. 1935, které vyhrála Henleinova sudetoněmecká strana, pak zapůsobil jako ledová sprcha. To už byla předzvěst Mnichovské dohody, v níž naši západní spojenci dali za pravdu Hitlerovi a souhlasili s drastickým okleštěním československého státu o sudetská území.
Teprve po druhé světové válce, kdy se podařilo získat spojenecký souhlas s odsunem drtivé většiny českých Němců a Maďarů, se Československo stalo v podstatě „etnicky čistým“ státem. Tím také skončila mnohasetletá etapa zápasu Čechů s Němci od Kutnohorského dekretu až po naši dobu. Hrany sporů mezi státy se obrousily v celé Evropě. Národní principy nejsou v Evropské unii právě preferovány, takže „nová“ evropská organizace už zase začíná mít podobu mnohonárodnostního útvaru, nikoliv nepodobného Svaté říši římské císaře Karla IV., nebo Rakousko-uherské monarchii. Zda bude příští poměr Čechů a Němců v takovém soustátí lepší než v minulých staletích, to se samozřejmě teprve ukáže.
