Na protest proti zahájení procesu kanonizace Pia XII. se setkání v římské synagoze odmítl zúčastnit hlavní italský rabín Giuseppe Laras. „Mlčení Pia XII. stále bolí, protože něco mělo být učiněno,“ řekl předseda římské židovské obce Riccardo Pacifici. Papež Benedikt XVI. na tato slova výslovně nereagoval, připustil však problémy mezi katolíky a židy. Zároveň uvedl, že cílem jeho návštěvy je zahájit novou etapu přátelství mezi oběma vyznáními víry v jediného Boha. Diplomatická zámlka sporu o Pia XII. ze strany současného papeže měla své důvody. Jistě nebylo vhodné zatížit nejnovější pokus o zlepšení křesťansko-židovských vztahů jitřením otázky, zda Pius XII. pro záchranu Židů před Hitlerem udělal dost. Benedikt nechtěl připomínat, že kladně na tuto otázku odpověděla už celá řada významných židovských představitelů.
Pius XII. byl hlavou Římskokatolické církve v období druhé světové války. Jeho kritici mu kladou za vinu, že ještě jako kardinál Pacelli v r. 1933 uzavřel konkordát s Německem, čímž nacistickému režimu usnadnil získání legitimity. Konkordát měl uchránit církev od pronásledování, Hitler ovšem plnil podmínky dokumentu, jen když se mu to hodilo, a Pacelli podal celkem 55 protestů proti jejich porušení. Při obviňování Pia XII. z chabé rezistence vůči Hitlerovi se zamlčuje řada jeho protestů proti nacistické diktatuře. Už jako papež ve své nástupní encyklice v r. 1939 odsoudil rasové učení nacistů. Když začaly deportace Židů do vyhlazovacích táborů, podpořil pastýřský list holandských biskupů, kteří proti deportacím ostře protestovali. List však vyvolal ještě větší slídění po Židech, a to i pokřtěných, a následné děsivé represe. V obavě, aby hlasitými protesty nevyvolával ještě větší zuřivost Němců, Pius XII. začal využívat méně nápadné metody tajné diplomacie.
Rozhodně však nemlčel k nacistickým zvěrstvům, a to ani vůči Židům, třebaže je výslovně nejmenoval. Jeho veřejných protestů bylo celkem 17, např. ve vánočním poselství v r. 1942 tvrdě odsoudil vyvražďování „lidí jiné rasy“. Snažil se pomoci pronásledovanému etniku nejrůznějšími diplomatickými metodami. Vlády Brazílie, Panamy a Haiti přesvědčil, aby udělily víza tisícům židovských uprchlíků před Hitlerem. Na Piův příkaz vatikánský nuncius Rotta v Maďarsku vystavoval falešné vystěhovalecké pasy Židům, určeným pro transport do Osvětimi. Slovenské biskupy papež podnítil k pastýřskému listu proti deportacím Židů, což později vedlo k jejich zastavení. Po obsazení Říma Němci Pius XII. organizoval ukrývání Židů v církevních institucích a zrušil pro tento účel i klášterní klauzuru. Židovským rodinám poskytl útočiště ve svém letním sídle Castel Gandolfo; byla zde zajištěna i košer strava a v soukromých prostorách papeže se rodily židovské děti. Jen v Římě tak bylo z 10 tisíc římských Židů zachráněno celých 7 tisíc.
Příznačné je, že zatímco seriózní historici tato fakta respektují, někteří „pokrokoví“ intelektuálové se naopak snažili papežovu činnost zpochybnit. Jako ryze negativní postavu se pokusil Pia XII. vykreslit kontroverzní německý dramatik Rolf Hochhut v divadelní hře Náměstek, která koncem 60. let vzbudila bouřlivé reakce v Evropě. Podle důstojníka rumunské rozvědky Mihai Pacepa, jenž v roce 1978 dezertoval na západ, Hochhut pro hru použil námět, který v rámci diskreditační kampaně proti Vatikánu vytvořil specialista KGB na dezinformace generál Ivan Ivanovič Agajanc. Ostatně Hochhut později úplně ztratil důvěru veřejnosti, když obhajoval neméně kontroverzního Davida Irvinga, britského popírače holokaustu, antisemitu a falsifikátora historie. Podobné to bylo s anglickým publicistou Johnem Cornwellem, který v knize Hitlerův papež vyčetl Piovi XII. opatrnictví a nečinnost. Jak ale uvedl kritik této knihy, americký rabín a historik David Dalin, Piovy mimořádné aktivity ve prospěch Židů zasluhovaly spíše zvláštní ocenění. Izraelský památník obětí holokaustu Yad Vashem by podle Dalina měl Pia XII. uznat za „spravedlivého mezi národy“.
Veřejným Piovým obhájcem byl i židovský filozof a teolog rabín Pinchas Lapide, který dokonce navrhoval vysázet tomuto papeži v Jeruzalémě milion stromů, neboť tolik Židů Pius XII. přímo či nepřímo zachránil. Mezi další osobnosti židovského světa, které uznaly Piovy zásluhy o zmírnění židovských obětí, patří vrchní rabín Chorvatska Freiberger, římský rabín Izrael Zolli (pozdější katolík) a izraelská premiérka Golda Meierová. Světoznámý židovský fyzik Albert Einstein po válce řekl: „Katolická církev byla jedinou, kdo proti hitlerovskému útoku na svobodu protestoval. Až dosud jsem o ni neprojevoval nejmenší zájem. Ale dnes k ní pociťuji veliký obdiv, neboť ona jediná měla odvahu se zasadit o duchovní pravdu a morální svobodu.“ Nebude tedy nijak nadnesené, usoudíme-li, že Pius XII. udělal pro skutečné porozumění mezi křesťany a židy mnoho vzácně cenného. Bezdůvodné útoky proti němu mohou toto porozumění jen zkalit.
