O hrůzách gulagů měl generál Píka stále detailnější informace a připomínal je už v době, kdy svět jen cosi málo tušil o osudu tisíců polských vojáků, které Sověti popravili v Katyni - a už téměř nic o gulagu. Šibenici si tak stavěl už v době, kdy jako šéf československé vojenské mise požadoval v Sovětském svazu propuštění týraných Čechoslováků. Právě tito vězni byli základem pro československou jednotku v SSSR. Fakt, že ji Píka u Sovětů prosadil, mu po válce příliš nepomohl. Na komunisty toho totiž příliš mnoho věděl. A tak bylo potřeba se ho zbavit.
„Píka nestál o mapování sovětských gulagů. Mapa o nich mu v rukou začala vznikat spontánně, s tím, jak přibývalo zoufalých dopisů vězněných Čechoslováků, aby je dostal z koncentráku,“ vysvětluje na stránkách Totalita.cz historik Zdeněk Vališ.
Během únorového převratu v roce 1948 byl nemocen, v březnu 1948 musel podstoupit operaci žlučníku. Během rekonvalescence 5. května 1948 byl ale zatčen a vyslýchán v „domečku“ na Hradčanech a pak na Pankráci. O půl roku později následovala obžaloba, vinící ho ze zločinu vojenské zrady, zneužití moci úřední a neoznámení trestných podniků. „Část jeho bývalých podřízených v čele s Karlem Černým se pokoušela vypátrat, kde je Píka vězněn. Plánovali jeho osvobození a přepravu za hranice, ale nikdy k tomu nedošlo,“ doplňuje fakta spojená s Heliodorem Píkou Stehlík.
Generál ale stále věřil, že svou nevinu obhájí. Netušil však, že již 21. ledna 1949 rozhodl Vojenský komitét ÚV KSČ o přípravě procesu i o rozsudku – trestu smrti provazem. Všechny žádosti o milost byly zamítnuty – rozsudek smrti byla vykonán 21. června 1949 brzy ráno.
- Poslední noc strávil generál se svým synem, jeho ženou a svým obhájcem. Požádal syna, aby otevřel láhev šampaňského, klidně připil na lepší osud Československé republiky. Po přečtení rozsudku řekl: „Má-li moje smrt vykoupit sjednocení národa, umírám rád.“…