Rudolfova matka Marie přivedla prvorozeného syna na svět 18. července 1552, krátce poté, co přesídlila z rodného Španělska do Vídně. Manžel Maxmilián II. byl zároveň jejím bratrancem, Habsburkové velmi rádi udržovali kontinuitu dynastie sňatky mezi španělskou a rakouskou větví rodu. Z pohledu moderní vědy vztahy mezi blízkými příbuznými do jisté míry vysvětlují některé Rudolfovy pozdější obtíže, v 16. století však byla tato situace vcelku běžná.
První velký zlom v životě mladého prince nastal ve dvanácti letech, kdy byl spolu se svým mladším bratrem Arnoštem odeslán na výchovu do Španělska k Filipu II., svému strýci. Umírající císař Ferdinand I. tímto způsobem rázně vyřešil časté spory o způsob výchovy potomků, které bigotní katolička Marie měla s Ferdinandovým (na Habsburka) nejen nábožensky značně tolerantním Maxmiliánem.
Ten s odjezdem synů nakonec souhlasil, ve hře totiž byla také španělská koruna, kterou mohl Rudolf časem získat, neboť Filipův jediný syn byl duševně nemocný. Maxmilián se nedlouhou poté stal českým králem a ihned začal usilovat o návrat obou princů, Filip však nebyl této variantě nijak nakloněn. Zpět do Vídně se jeho synové dostali až o sedm let později, když je císař v podstatě „vyměnil“ za svou dceru Annu, jelikož čerstvě ovdovělý Filip potřeboval další manželku.
Rozhovor s historikem Jaroslavem Pánkem
Rudolf se do Vídně vrátil překvapivě příliš nepoznamenán katolickým fanatismem svých španělských příbuzných a projevoval zájem hlavně o umění a přírodní vědy, zvláště alchymii. Maxmilián svého syna poprvé dostal do politické hry v roce 1572, kdy jej nechal korunovat uherským králem. Do své smrti v říjnu 1576 získal pro svého syna ještě českou korunu a titul římského krále. České stavy výměnou za korunu prosazovaly Rudolfovo přesídlení do Prahy, otcův nesouhlas to však mladému králi (zatím) neumožnil.
Na sklonku roku 1576 se Rudolf ujal vlády ve všech državách rakouské větve a prakticky ihned se dostal do sporu s ambiciózním mladším bratrem Matyášem, který se už stačil za pomoci umírněných stavů stát guvernérem rebelujícího Nizozemí. Velmi komplikovaný vztah obou bratrů následně poznamenal zvláště pozdní roky Rudolfovy vlády.
V náboženské otázce sice Rudolf oficiálně podporoval rekatolizaci, i vzhledem k štědré podpoře českých protestantských stavů však ve svému „úsilí“ příliš aktivní nebyl.
V roce 1578 se u císaře poprvé projevily psychické problémy a byl nucen se dočasně stáhnout z aktivního politického života. Na dvoře se mezitím rozhořel boj o moc a o vliv, ve kterém proti sobě stáli Rudolfovi rádci Pavel Sixtus Trautson a Wolfgang Rumpf a panovníkovi strýcové Ferdinand Tyrolský a Karel Štýrský, podporováni samozřejmě Matyášem. Rudolf se sice dokázal uzdravit, zůstal však podezřívavým až paranoidním ke svému okolí. Aby unikl ze spárů příbuzných a uťal spory na svém dvoře, rozhodl se přesídlit v roce 1583 do Prahy. Hlavním důvodem však byla blízkost sídelního města k neklidným hranicím Osmanské říše.
Sídelní město českých králů se tak rázem stalo na další čtvrtstoletí evropskou metropolí. Sídlili zde nejen vyslanci všech důležitých panovnických dvorů a početná suita samotného Rudolfa, ale začali do ní ze všech stran proudit vědci, umělci i různí šarlatáni, které nonkonformní osoba císaře přitahovala. Rudolf nadále holdoval astrologii a alchymii, rozšiřoval své umělecké sbírky a rozsáhlý zvěřinec. Zato v osobním životě, jak dnes říkáme, Rudolf příliš úspěšný nebyl.
Vstup Barbory Peterové
Tedy jak se to vezme, aktivita se mu rozhodně upřít nedá, císařovou ložnicí prošla celá řada milenek - to mělo mimo jiné za následek nákazu syfilidou, jejímiž projevy v pozdějším věku velmi trpěl. S nejvytrvalejší z nich, hraběnkou Kateřinou Stradovou, zplodil dokonce šest potomků. Nikdy však své levobočky neuznal jako legitimní a nechoval se k nim příliš otcovsky. Nejznámější z nich Juan d´Austria zdědil po otci pouze duševní poruchy a proslavil se hlavně jako deviantní násilník a schizofrenik. Rudolf se také nikdy neoženil, což ohrožovalo následnictví v habsburské dynastii.
V 90. letech 16. století se Rudolf znovu stáhl do ústraní a válečný konflikt s Turky nechal v rukou svých bratrů. Císař trpěl nejen paranoiou, ale i depresemi a zhoubnými projevy syfilis, dokonce se pokusil o sebevraždu a vyhnal z Prahy oba věrné rádce Rumpfa i Trautsona. Na dvoře poté panoval chaos, nepatřičný vliv získalo služebnictvo a stárnoucí panovník věřil už prakticky pouze hvězdám a alchymii. Když se však zbytek rakouské větve rodu pokusil situaci stabilizovat uznáním Matyáše Rudolfovým nástupcem, zareagoval císař vypovězením bratrova rádce a vyslance z Prahy.
Krize se však nadále zhoršovala a k Matyášovi se postupně začaly přidávat rakouské a uherské stavy. Neblahým projevem Rudolfovy vlády z Prahy bylo totiž také to, že ostatní země včetně původní rodové državy Rakous značně zanedbával. Matyáš si uherskou šlechtu naklonil také tím, že diplomatickým způsobem vyřešil povstání Stěpána Bočkaje a uzavřel mír i s Turky, zatímco Rudolf nesmyslně trval na pokračování obou konfliktů. Od císaře se brzy odklonila i Morava, což Matyáše přimělo k akci a vytáhl s vojskem na Prahu.
Za Rudolfem v tu chvíli stály už pouze Čechy, stavové sice problémy jeho vlády vnímali, ale Matyáš se jim zamlouval ještě méně, navíc by jim hrozila ztráta privilegovaného postavení coby sídelní země. Oba bratři nakonec uzavřeli v Libni mír, na jehož základě získal Matyáš vládu v Uhrách, Rakousku i na Moravě, Rudolfovi kromě Čech zůstala již jen Lužice a Slezsko. Jedním z posledních politických rozhodnutí Rudolfa bylo vydání Majestátu za náboženskou svobodu, který povoloval v Čechách svobodu vyznání.
Majestát však Rudolf podepsal pod nátlakem ze strany stavů a roku 1611 se pokusil ještě naposledy získat moc zpět do svých rukou. Za jeho souhlasu vtrhl do Čech Leopold Pasovský, obsadil jejich jihozápadní část a následně vtáhl do Prahy. Dobýt pravý břeh Vltavy se mu sice nepodařilo, přesto stačili Leopoldovi žoldnéři a pražská lůza vydrancovat polovinu města, než se vojsku českých stavů a Matyášovi povedlo situaci uklidnit. Na následném sněmu donutil vůdce českých stavů Jindřich Matyáš Thurn císaře k abdikaci a českým králem se definitivně stal Matyáš. Rudolf poslední měsíce života strávil v ústraní na Pražském hradě a byl pohřben v katedrále svatého Víta.