Ve vědecké radě usedne historička umění Milena Bartlová, historik a profesor českých dějin Zdeněk Beneš, německý historik Detlef Brandes, americká historička a spisovatelka českého původu Paulina Brenová, dánský historik a bohemista Peter Bugge, americká historička a germanistka Cathleen Giustinová, mediální historik Jakub Končelík, americký historik a politolog Mark Kramer, politoložka Blanka Mouralová, kulturoložka a literární vědkyně Libora Oates-Indruchová, historik a politolog Michal Pehr.
Osazenstvo předminulé vědecké rady loni na jaře odešlo na protest proti odvolání tehdejšího ředitele Daniela Hermana a nástupu nové ředitelky Pavly Foglové. Minulá vědecká rada skončila letos na jaře s koncem funkčního období Foglové, kritici nicméně poukazovali na to, že někteří členové byli v KSČ.
Vědecká rada instituce, která má nestranně zkoumat dobu komunismu a nacismu, je poradní platformou pro výzkum, členy na návrh ředitele ÚSTR schvaluje hlavní rada instituce. Vědecká rada nemá žádné přímé pravomoci. Její členové se například vyjadřují k výroční zprávě a ročním plánům badatelské a ediční činnosti. Funkce člena vědecké rady je na rozdíl od člena hlavní rady neplacená.