Druhá polovina 16. století se ve francouzském království nese ve znamení šíření náboženské reformace. Do katolické země stále více proniká vliv protestantských kalvinistů (též hugenotů), na jejichž víru přestoupí i vedlejší větev vládnoucího královského rodu z Valois - Bourboni z Navarrského království v jižní Francii a pyrenejské oblasti. Až do roku 1598, kdy jsou katolicismus a kalvinismus zrovnoprávněny, probíhají v celé zemi náboženské války.
Na francouzské hugenoty a především mocné a tudíž nepohodlné osobnosti z jejich řad začal útočit i španělský, ortodoxně katolický král Filip II. Kateřina Medicejská, francouzská královna matka a regentka svých královských synů, v obavě před dalšími španělskými útoky na francouzská území nakonec rozhodla o svatbě své dcery Markéty, známé později díky románu Alexandra Dumase jako královna Margot, a bourbonského Jindřicha Navarrského. Sňatek měl upevnit sílu království a jejích obyvatel před jižním sousedem.
Svatba mladého páru se konala v Paříži 18. srpna 1572 a do katolické metropole se na ni sjely stovky protestantských šlechticů. Francouzský dvůr je však vlákal do pasti. V noci z 23. na 24. srpna 1572, na den svatého Bartoloměje, proběhlo kruté vyvražďování všech hugenotů ve městě. Za oběť padl i admirál Coligny, celkem zemřely tři tisíce lidí. Dalších 20 000 hugenotů bylo zavražděno v celé Francii v následujících dnech. Masakr iniciovala sama královna, když k němu přemluvila svého syna, krále Karla IX. Vražedné nájezdy organizoval katolický rod Guisů.
Jindřich Navarrský byl uvězněn v Louvru a později utekl do Navarry, svou choť zanechal v Paříži, ale později se k němu připojila. Synové Kateřiny (Karel IX. A Jindřich III.) však shodou nešťastných událostí umírají krátce po sobě. Navarra nakonec konvertoval ke katolicismu, aby si zajistil nárok na francouzský trůn, o který usilovali i Guisové. V roce 1593 po bojích s guisovskou katolickou ligou nastupuje jako Jindřich IV. Navarrský na francouzský trůn. Se smrtí královny Margot vymírá rod z Valois. Francii budou nadále až do Velké francouzské revoluce v roce 1789 vládnout Ludvíci z rodu Bourbonů.
