O Velikonocích roku 1987 vyhlásil desetiletý program duchovní obnovy českého národa k 1000. výročí smrti sv. Vojtěcha. Velký podíl měl Tomášek také na svatořečení Anežky Přemyslovny na podzim 1989, které se stalo jakýmsi předznamenáním listopadové revoluce. Již o rok dříve podepsal petici požadující svobodu náboženského vyznání, protestoval také proti policejní brutalitě při lednových shromážděních k uctění památky smrti Jana Palacha v roce 1989 a podpořil petici Několik vět.
V roce 1990 se splnil jeho životní sen, svoboda náboženského vyznání se po dvaačtyřiceti letech stala znovu skutečností. Všechny biskupské stolce v Československu byly obsazeny, diplomatické styky s Vatikánem byly obnoveny a v životě církve začala nová etapa. Poslání kardinála Tomáška bylo dovršeno a nejstarší činný biskup v katolické církvi mohl požádat papeže o uvolnění ze svého úřadu. František Tomášek byl zproštěn úkolu správy pražské arcidiecéze v březnu 1991. Zemřel 4. srpna 1992 v úctyhodných 93 letech.
Vzpomínka na kardinála Tomáška
Kardinál František Tomášek zažil nacistický teror i komunistickou diktaturu. Nazývali ho posměšně - generál bez vojska. Přesto ale byl pro režim nebezpečný.
Vladimír Vyhlídka, kanovník vyšehradský: Musel počítat s odposloucháváním a také s tím, že i když kolem sebe má hodně lidí, minimálnímu počtu z těchto lidí může důvěřovat.
Jan Sokol, filozof: On dokázal svým postojem oslovit i ty, ne zrovna intelektuály nebo pražské kruhy, a to bylo v té chvíli strašně důležité.
