Případ únosu Kováče mladšího patří ke stinným stránkám polistopadového vývoje Slovenska. Ze zavlečení prezidentova syna do ciziny byla podezřelá SIS, kterou v té době vedl právě Lexa, označovaný za blízkého spolupracovníka tehdejšího premiéra Vladimíra Mečiara. Tajná služba únosem údajně chtěla prezidenta zdiskreditovat, protože kritizoval Mečiarovu vládu. Na Kováče mladšího byl totiž v té době v zahraničí vydán zatykač; rakouský soud ho ale německé prokuratuře nevydal.
Kováč z pozice hlavy státu po únosu svého syna opakovaně prohlásil, že za únosem stála SIS v čele s Lexou. Lexa proti těmto výrokům podal v roce 1996 na Kováče žalobu. Soudce po přečtení verdiktu uvedl, že výroky exprezidenta považuje za „neoprávněné svým načasováním, medializací i slovními spojeními“ a označil je za neoprávněný zásah vůči Lexovi. Bývalému šéfovi SIS však přiznal jen desetinu odškodného, kterou požadoval. Soudce také zamítl Lexův návrh, aby bývalé hlavě státu zakázal podobné výroky o únosu.
Osmdesátiletý Kováč, který byl slovenským prezidentem v letech 1993 až 1998, rozhodnutí soudu kritizoval. Řekl, že proces se obrátil proti tomu, kdo byl v celé kauze únosu poškozeným. Odvolání zváží po doručení rozsudku a po poradě s právníkem. Nadále však soudí, že za únosem jeho syna stála SIS.
Soudce neposuzoval případ samotného zavlečení. Vyšetření únosu Kováčova syna do ciziny brání kontroverzní amnestie, které v roce 1998 udělil tehdejší premiér Mečiar, jenž vykonával také některé pravomoci hlavy státu. Parlament v minulosti zamítl pět návrhů na zrušení amnestií, pošesté bude o podobné iniciativě z dílny vládních křesťanských demokratů definitivně rozhodovat patrně v příštích týdnech. Schválení takového návrhu vyžaduje souhlas třípětinové většiny sněmovny, kterou ale koalice nedisponuje.
Objasnění únosu by prý mohlo pomoci i při vyšetřování vraždy policisty Róberta Remiáše, v jehož autě v roce 1996 vybuchla nastražená trhavina. Remiáš údajně zabezpečoval spojení s bývalým pracovníkem SIS Oskarem Fegyveresem, který se skrýval v zahraničí. Fegyveres vypověděl, že za únosem prezidentova syna do Rakouska stála právě SIS.
