Zcela mimo provoz jsou linky S45, 47, 75 a 85. Zbylé linky jsou vesměs v provozu pouze v části své trasy. Vůbec žádné žluto-červené vlaky S-Bahn nejsou k vidění na klíčové trase Ostbahnhof – Westkreuz – Spandau/Wannsee. Bez omezení jezdí linky S1, 2 a 25, které projíždějí městem od jihu na sever, a S41 a 42, které objíždějí Berlín po jeho železničním okruhu.
Kvůli výluce systému S-Bahn je posílena podzemní dráha na linkách U1 a U2 a tramvaje M4, M8 a 27. V okrajových částech Berlína, kam nejezdí metro ani tramvaje, je zavedena náhradní autobusová doprava.
Systém S-Bahn jezdí v Berlíně nad zemí i v podzemních tunelech. Ačkoli jsou jeho koleje často vedeny souběžně s tratěmi běžné železnice, jedná se o oddělené systémy. Soupravy S-Bahn jsou totiž napájeny z postranní kolejnice, nikoli z trakčního vedení. Základ dnešního systému vznikl ve 20. a 30. letech minulého století a fungoval i v době, kdy byl Berlín rozdělen na dvě části. Po vzoru Berlína vznikl S-Bahn i v řadě jiných měst, často se ale jedná o systém příměstské železnice, na kterých jezdí běžné zastávkové vlaky. Označení S v současnosti používají také České dráhy pro označení svých městských a příměstských linek v Brně, Praze a Ostravě.