Soud trval pouhých osm dní a na přímý příkaz Klementa Gottwalda byl zinscenován jako veřejný politický proces po vzoru sovětských velkých čistek ve 30. letech. Podle historika Petra Koury je patrné, že o rozsudcích bylo rozhodnuto předem a jinde než v soudní síni. Existují dokumenty, podle nichž ještě před vynesením rozsudků jednala o trestech nejvyšší místa KSČ.
Horáková žádost o milost podat odmítla, učinili tak za ni až její otec a dcera. Zpočátku tehdejší komunistický prezident Československa Klement Gottwald váhal, jelikož proces získal publicitu v zahraničí a řada významných osobností intervenovala za milost pro odsouzené. Mezi nimi se objevili například Winston Churchill nebo Bertrand Russell.
Reportáž Evy Lankočí
„Smyslem soudního procesu bylo zastrašit skutečné, domnělé i budoucí odpůrce režimu. Navíc bylo potřeba najít viníka ekonomických problémů komunistického Československa, a proto byli všichni obžalovaní i z hospodářských sabotáží.“
Za Horákovou se postavil i Albert Einstein, který poslal telegram s textem: „Prosím Vás o nevykonání rozsudku vyneseného nad Miladou Horákovou, Závišem Kalandrou, Oldřichem Peclem a Janem Buchalem. Byli oběti nacismu, vězňové německých koncentračních táborů. Jsem hluboce přesvědčen, že si zasluhují žít.“ Přesto nakonec Gottwald rozsudek potvrdil. Horáková byla popravena v pankrácké věznici 27. června 1950 v pět hodin a 30 minut ráno. Spolu s ní na popravišti skončili i historik a kritik Záviš Kalandra, bývalý štábní strážmistr SNB Jan Buchal a podnikatel Oldřich Pecl.
Všech devět odsouzených k dlouholetým trestům strávilo ve vězení nejméně deset let; v roce 1960 byli po amnestii propuštěni F. Zemínová, A. Kleinerová a Z. Peška, roku 1962 J. Hejda a o rok později byli podmíněně propuštěni J. Nestával, F. Přeučil, B. Hostička a J. Křížek. V. Dundr, nejstarší odsouzený – bylo mu tehdy 71 let – zemřel ve vězení v roce 1957.
Za vykonstruovaný proces byla zatím potrestána jen jedna osoba, a to bývalá dělnická prokurátorka Ludmila Brožová-Polednová. Svůj trest si nejstarší česká vězeňkyně odpykává od 31. března 2009 ve věznici ve Světlé nad Sázavou. Za jistou snahu o napravení křivd lze brát i události roku 1968, kdy Nejvyšší soud nezákonný rozsudek zrušil, plná rehabilitace však mohla proběhnout až v roce 1990.
Příběh justiční vraždy Horákové oslovil tvůrčí tým režiséra Nekvasila
Proces s Miladou Horákovou se stal námětem experimentální opery Zítra se bude… tvůrců Aleše Březiny a Jiřího Nekvasila. Pro libreto použili autoři inscenace autentické dokumenty, rozhlasové záznamy, přepisy výslechů, poznámky z přípravy procesu i zmanipulované reakce veřejnosti. Komorní opera měla v Divadle Kolowrat premiéru v roce 2008. Stala se jednou z nejúspěšnějších inscenací roku u diváků i kritiky. Březina s Nekvasilem za ni získali cenu Sazky a Divadelních novin, v anketě tohoto odborného čtrnáctideníku byla vyhlášena druhou nejlepší inscenací roku. Pěvkyně Soňa Červená převzala za svůj výkon Cenu Alfréda Radoka.
"Když jsme došli k tomu, že pro Soňu Červenou vytvoříme operu na téma procesu s Miladou Horákovou, tak jsme se rozhodli, že nebudeme fabulovat, že zhudebníme proces tak, jak je. Samotný proces je totiž to nejsilnější. Což se také potvrdilo. Naše inscenace je postavena na tom, že mezi diváky a hracím prostorem je postaveno polopropustné zrcadlo, ve kterém se někdy zrcadlí diváci jako součást procesu. V jednom momentě zazní autentický hlas prokurátora, který říká: „Máte šestnáctiletou dceru v Praze.“ V tu chvíli se v zrcadle objevila paní Kánská, ona dcera Horákové, která byla na premiéře a seděla v první řadě. Byl to opravdu velmi silný, autentický zážitek," zavzpomínal na premiéru inscenace její spoluautor a režisér Jiří Nekvasil.
