Vznik nadace inicioval český fyzik František Janouch žijící ve Švédsku. Dodnes stojí v jejím čele. „Na jaře 1978 jsem byl dotázán, zda by Václav Havel nemohl poslat nějaké poselství pro mezinárodní kongres PEN klubu ve Stockholmu. Spojil jsem se s ním telefonicky, souhlasil a později mi své poselství nadiktoval. Spolu s Pavlem Tigridem, který též přijel na kongres, jsme Havlovo poselství přeložili do angličtiny a přednesli při zahájení,“ napsal František Janouch pro dvouměsíčník Listy.
Havlovo poselství vzbudilo podle Janoucha takovou pozornost, že byl prý o několik týdnů později dotázán, zda by signatářům Charty 77 neuškodilo udělení významné švédské kulturní ceny Monismanien. A tak hnutí a vlastně i teprve se formující nadace získaly první peníze, a to 15 tisíc švédských korun.
„Požádal jsem správce ceny, aby peněžní obnos poukázali na zvláštní účet, který založím a který jsem spontánně nazval ‚Charta 77‘. Peníze na tento účet došly 20. prosince 1978. Použil jsem publicity vyvolané udělením ceny k řadě apelů na švédskou veřejnost, aby podpořila finančně boj signatářů Charty 77,“ popsal pro Listy Janouch s tím, že jeho výzvy našly u švédské veřejnosti odezvu.
„Na založeném účtu se začaly hromadit slušné finanční prostředky, které jsem přes tuzexového agenta v Göteborgu Svena Perssona posílal ve formě tuzexových bonů signatářům Charty 77, již se octli v nouzi. V té době začala i má těsná a pravidelná spolupráce s Václavem Havlem, který mi poskytoval, nejdříve sám, potom se skupinkou lidí, kteří se nazývali FOP (Fond občanské pomoci), seznamy nejpotřebnějších signatářů a jejich adresy,“ uvedl Janouch pro dvouměsíčník Listy.
Nicméně podle Janoucha první „velké“ peníze do nadace přinesl finančník George Soros, se kterým se seznámil v New Yorku.
Původním smyslem nadace byla podpora osobností, jež tvořily nezávislé kulturní i politické iniciativy v Československu. Nadace mimo jiné obstarávala přísun literatury a techniky (například kamery, magnetofony nebo i počítače).
„Využili jsme toho, že v Čechách byl nedostatek počítačů a celní úřady bez problémů dovolovaly posílat počítače z venku. Bylo jen potřeba vyhledat někoho, kdo jako dodavatel bude za počítač zodpovídat,“ vzpomínal Janouch v Českém rozhlase a dodal: „Roku 1985 Nadace vyvinula počeštěný systém, který uměl háčky, čárky a kroužky, včetně automatické kontroly textů. Na tento systém přešla všechna exilová nakladatelství.“
Nadace také pomáhala šířit zakázané filmy a nedostupnou hudbu, vybavila disidenty počítači, její videoprojekt umožnil vznik Originálního videojournalu. Ten v sobě spojoval hudební underground, samizdat a politický disent kolem Charty 77. Vystupovali v něm filozofové, vědci nebo třeba umělci.
Stěhování po roce 1989
Po pádu komunistického režimu v Československu usiloval František Janouch, aby se nadace přestěhovala do Prahy. „Koncem listopadu 1989, tedy ještě v průběhu sametové revoluce, jsem přijel do Prahy a oznámil, že hodláme činnost Nadace Charty 77 přenést do Československa,“ upřesnil pro Listy Janouch.
František Janouch společně s Georgem Sorosem a Karlem Schwarzenbergem navštívili tehdejšího premiéra Mariána Čalfu. Informovali ho o úmyslu zahájit nadační činnost v Praze. Potřebovali od vlády svolení pro bezcelní dovoz počítačů a jiných informačních technologií.
František Janouch se tak vlastně stal jedním z prvních zakladatelů moderního neziskového sektoru v České republice.
Nadace Charty 77 přešla z podpory disidentů a nezávislé kultury k podpoře kulturně-humanitárních aktivit a stala se jedním z průkopníků občanské společnosti v postkomunistické éře. Například pomáhala Občanskému fóru, Veřejnosti proti násilí, Lidovým novinám nebo nakladatelství Atlantis a dalším demokratickým institucím a občanským iniciativám.
Nyní je nadace známá především díky Kontu Bariéry, které je jejím samostatným projektem a existuje již pětadvacet let. Za dobu svého fungování rozdělilo kolem 400 milionů korun. Konto podporuje nejen osobní asistenci, ale také bezbariérové úpravy, vybavení speciálních sociálních a školních zařízení, rekvalifikace a vzdělávání, rehabilitační pomůcky a další sociální projekty.
Nadace uděluje i čtyři ceny: Toma Stopparda od roku 1983 a Jaroslava Seiferta od roku 1986 (obě za literaturu), Františka Kriegla od roku 1987 (za úsilí o dodržování lidských práv) a Josefa Vavrouška od roku 1996 (za ekologii) a Václava Havla za lidská práva od roku 2013. Právě tu první uvedenou – Cenu Toma Stopparda – získal loni zpěvák Radek Banga za protest proti ocenění kapely Ortel při vyhlašování cen Zlatý slavík.
Organizace využívá i další cesty získávání finančních prostředků. Prodává pohlednice a samolepky, pořádá dobročinné aukce, udržuje dlouhodobé vztahy s tradičními partnery, kteří některé projekty sponzorují trvale. Získala i peníze z Nadačního investičního fondu.

František Janouch, zakladatel a předseda Nadace Charty 77
Díky Kontu Míša získala první Leksellův gama nůž Nemocnice Na Homolce
Nadace zakoupila přístroj s výrobním číslem 37, který zapůjčila pražské Nemocnici Na Homolce a do provozu byl uveden 26. října 1992. Ta se tak stala teprve osmým pracovištěm v Evropě a prvním v postkomunistických zemích s tímto vybavením.
Podnětem k sbírce byl příběh 13letého slovenského chlapce Míši (Michala Budínského ze slovenského Martina), jehož lékařka požádala v roce 1990 Nadaci Charty 77 ve Stockholmu o pomoc se zajištěním operace unikátním švédským vynálezem, Leksellovým gama nožem. Chirurgický zákrok mu prodloužil život o 26 let, zemřel letos v květnu.
Případ měl v tehdejším Československu velký ohlas a byl motivem pro spuštění sbírky na zakoupení přístroje, který v té době na celém světě vlastnilo jen několik špičkových zdravotnických zařízení.
První Leksellův gama nůž sloužil Na Homolce 17 let, přičemž prošel dvakrát modernizací. Za dobu jeho fungování podstoupilo operační zákrok 10 525 pacientů. Nemocnice Na Homolce se ho ale chtěla zbavit.
„Někdy koncem roku 2008 mě pozval pan ředitel Dbalý a řekl mně, že budou kupovat nový gama nůž, ať si odvezeme to staré železo. Proto jsem zavolal švédskému výrobci, firmě Elekta Instrument. Oni mně odpověděli, že ten gama nůž patří mezi 100 nejlepších, a že pokud ho chceme odstranit, oni ho mohou odkoupit. Nabídli za něj přibližně 900 tisíc eur,“ uvedl Reportérům ČT v roce 2014 Janouch.
„Původní Leksellův gama nůž si švédka Elekta Instrument vzala zpět na součástky a nadace za ně dostala 27 milionů korun,“ uvedla ředitelka Konta Bariéry Božena Jirků. Nyní v nemocnici funguje jeho nástupce, na němž kromě ozáření mozku a hlavy lze provádět i zákroky v oblasti krku. Příběh jeho pořízení je již však zcela jiný.
Pražský městský soud nepravomocně odsoudil Dbalého k devítiletému vězení a propadnutí majetku. Vinnými uznal i dalších šest obžalovaných.