Skutek se podle slovenského generálního prokurátora Jaromíra Čižnára zřejmě stal ve čtvrtek 22. února večer. Oběti byly zastřeleny, každá jednou ranou. Policejní hlídka našla těla v novinářově bydlišti v západoslovenské obci Veľká Mača nedaleko Trnavy v neděli 25. února. Policii zavolala matka Kuciakovy přítelkyně, které se nedařilo několik dní s dcerou spojit. Vražednou zbraň policie nenašla.
Policie za nejpravděpodobnější motiv vraždy označila reportérovu práci. Patrně první vraždu novináře v novodobých slovenských dějinách odsoudili slovenští politici, špičky EU i český premiér Andrej Babiš. Slovenská vláda vypsala odměnu milion eur (přes 25 milionů korun) za informace, které pomohou k dopadení vraha.
Slovenský policejní prezident Tibor Gašpar řekl novinářům, že případ má určitý přesah do Česka. Oznámil, že Slovensko již navázalo spolupráci s policejními sbory v Česku, Itálii a také s Europolem.
Portál Aktuality.sk, pro který Kuciak pracoval, napsal, že Kuciak se naposledy věnoval článku o podnikatelských vazbách Ficovy asistentky Márie Troškové a bývalého poslance Ficovy strany Smer-sociálna demokracia a nynějšího tajemníka bezpečnostní rady státu Viliama Jasaňa s italským podnikatelem Antoninem Vadalou, který byl prý napojen na italskou mafii 'Ndrangheta. Portál také napsal, že na východním Slovensku podnikají zástupci několika rodin z prostředí italské Kalábrie, včetně klanu Vadaly, a spojují je aktivity v zemědělství, na které pobírají miliony eur na dotacích. Fico se svých spolupracovníků zastal.
Podle serveru Respekt.cz je zmíněným přesahem do ČR míněna novinářka a zakladatelka Českého centra pro investigativní žurnalistiku Pavla Holcová, která s Kuciakem na článku o vazbách Ficova okolí na osoby blízké mafii spolupracovala. Podle serveru je proto pod policejní ochranou.
28. února oznámil slovenský ministr kultury Marek Maďarič demisi. Na tiskové konferenci řekl, že se nedokáže vyrovnat s tím, že za jeho působení v ministerském postu byl zavražděn novinář.
Do vyšetření případu opustili svá místa Jasaň a Trošková. Jejich odchod požadovala opozice, ke které se přidala i koaliční strana Most-Híd. Bezpečnostní prověrku Jasaně začaly zkoumat slovenské úřady.
Premiér Fico obvinil opozici, že téma vraždy novináře a jeho partnerky zneužívá v politickém boji s cílem převzít moc.
Dvojnásobná vražda přivedla v pátek 9. března do ulic slovenských měst tisíce lidí. V největších protestech od roku 1989 žádali především konec ministra vnitra Roberta Kaliňáka i premiéra Roberta Fica. Média začala spekulovat že dění vyvrcholí koncem kabinetu.
Objevily se i výtky vůči vyšetřování. Slovenská společnost pro soudní lékařství zkritizovala, že k ohledání ostatků zavražděných nebyl přizván expert v oboru. Slovenská policie potvrdila, že na místě byl „v plném rozsahu“ přítomen i šéf protikorupční policejní jednotky Róbert Krajmer, který je spojován s oligarchou Norbertem Bödörem, švagrem policejního prezidenta Tibora Gašpara. Sám Gašpar přitom tvrdil, že Krajmer na místo činu nevstupoval.
V pondělí 12. března oznámil svou rezignaci ministr vnitra Robert Kaliňák. Jeho odstoupení v souvislosti s řešením situace po vraždě novináře Jána Kuciaka žádala koaliční strana Most-Híd i tisíce lidí v ulicích, obměnu kabinetu navrhoval i prezident Andrej Kiska.
