Výstavbu kanálu inicioval a z velké části financoval Jan Antonín Baťa, majitel známé obuvnické firmy, který potřeboval levně přepravovat hnědé uhlí do svých závodů v Otrokovicích (tehdejším Baťově). Plavební cesta začínala v otrokovickém přístavu a končila u Rohatce po zhruba 60 kilometrech. Přepravu zajišťovaly 36 metrů dlouhé nákladní čluny, tažené koňským potahem, traktorem a také vlečnými remorkéry. Překonání celé trasy trvalo za ideálních vodních podmínek přibližně deset hodin.
Plavebnímu a závlahovému účelu sloužil kanál jen krátce. Koncem války jej poškodila ustupující německá armáda a s nástupem komunismu začala tamní lodní doprava stagnovat. Vodní cesta chátrala až do poloviny 90. let, kdy se za vydatné finanční podpory místní a státní správy a Evropské unie stala ojedinělou turistickou atrakcí. Mezi využitelné vodní cesty se průplav opětovně zařadil zákonem o vnitrozemské plavbě z května 1995.
Baťův kanál se v příštích letech rozroste
V současnosti kanál měří 52 kilometrů a spojuje Otrokovice se Sudoměřicemi. Polovina trasy vede širokým řečištěm Moravy a polovina úzkými, uměle vyhloubenými kanálovými úseky. Pro rekreační plavbu je využíván i úsek řeky Moravy Hodonín - Skalica - Rohatec.
Do následujících let je plánováno splavnění Baťova kanálu do zdrže jezu Hodonín a splavnění severním směrem do Kroměříže. Unikátní vodní cesta by pak měřila úctyhodných 76 kilometrů a stala by se páteří turisticky využívaného Slovácka. Turistickou atraktivitu lokality má navíc podpořit cyklostezka spojující Uherský Ostroh s Kroměříží.
