Jan Vylita žádal NBÚ o rozšíření své bezpečnostní prověrky, kterou měl na stupeň tajné, až na stupeň přísně tajné. Výsledkem posuzování však byla i ztráta původní prověrky. Podle NBÚ jednal Vylita jako generální sekretář ministerstva proti zájmu na ochranu ekonomiky a proti zájmu na ochranu vnitřního trhu. Není známo, proč bezpečnostní úřad Janu Vylitovi prověrku zrušil, neví to ani on sám. „Z důvodu utajování zpráv zpravodajské služby nemám právo se dozvědět, z čeho mě obviňují a jaký zájem České republiky jsem poškodil,“ uvedl člen výboru auditorů. Dodal, že se ho NBÚ dotazoval na průběh restrukturalizace státního podniku Letecké opravny Malešice (LOM) či prodej vojenských opraváren ve Šternberku.
Ministerstvo obrany tvrdí, že přestože významný český představitel v NATO přišel o bezpečnostní prověrku, jde pouze o jeho osobní problém. Prestiž Česka v rámci Aliance podle mluvčího úřadu Petra Medka neutrpí. Sám Jan Vylita ale tvrdí opak. V případě, že prověrku nadobro ztratí, budou ho muset velvyslanci členských států NATO, již ho do funkce v Mezinárodním výboru auditorů zvolili, odvolat. „Už to samo o sobě je dost velká ostuda,“ poznamenal Jan Vylita.
O osudu Vylitovy prověrky bude nyní rozhodovat rozkladová komise NBÚ. Ohrožený člen auditorského výboru věří, že komise „je nestranná a rozhodne objektivně“. Zda Jan Vylita ve výboru NATO zůstane, se rozhodne podle výsledku rokladu. Zatím jeho členem zůstává, nemůže ale vykonávat žádnou činnost.
Jan Vylita v minulosti působil v poradenské a auditorské společnosti PricewaterhouseCoopers. V roce 2010 přestoupil do státních služeb, stal se generální sekretářem na ministerstvu obrany, které tehdy vedl Alexandr Vondra. Zůstal na něm i v dalším období, kdy úřad v krátkých etapách řídili Karolína Peake, Petr Nečas (z funkce premiéra) a Vlastimil Picek. Jeho jméno se také objevovalo v době, kdy nebylo jasné, kdo by měl odvolanou Peake nahradit. Na podzim 2013 uspěl ve výběrovém řízení na člena Mezinárodního výboru auditorů NATO, který kontroluje hospodaření Severoatlantické aliance.