Werner dále podle svých nadřízených ve 29 spisech déle než půl roku nepokročil a v době, kdy se měl případy zabývat, byly už některé činy promlčeny. Nadřízení Wernera také kritizovali za svéráznou docházku na pracoviště.
Werner obvinění odmítl. Za kárnou žalobou byly podle něj jeho konflikty s vedením krajského i okresního soudu. „Osobně tvrdím, že to je podstata tohoto řízení,“ řekl. Werner patřil ke kritikům poměrů u Okresního soudu v Prostějově. Upozorňoval na to, že vedení špatně práci dělilo a organizovalo. Proto se případy kupily. Dnes se u soudu hájil mimo jiné tím, že ke spisům, které měl na starosti, neměl přístup, protože je zpracovávali soudní úředníci. Kárný senát ale tento argument neuznal.
Werner stál před kárným senátem už potřetí, potrestán byl v letech 2004 a 2005. Poslední kárnou žalobu na Wernera podal předseda brněnského krajského soudu. Soudce podle něj nevyvíjel odpovídající činnost asi v osmdesáti soudních případech. Kárný senát olomouckého vrchního soudu uznal chyby asi v polovině případů. Za to mu snížil plat.