Na začátku konfliktu většina českých politiků podpořila rozhodnutí šéfa NATO Javiera Solany, který 23. března nařídil letecké útoky na Jugoslávii a následující den ji NATO začalo bombardovat. Prezident Václav Havel vyzval jugoslávského prezidenta Slobodana Miloševiče, aby splnil požadavky mezinárodního společenství v čele s NATO a ukončil násilí vůči kosovským Albáncům.
České jednotky se náletů na Kosovo přímo nezúčastnily, vláda ale na začátku dubna rozhodla o otevření vzdušného prostoru pro přelety spojeneckých vojenských letadel podle potřeb aliance. Obě komory parlamentu schválily v dubnu vyslání polní nemocnice a dopravního letounu a souhlasily s přistáváním letadel a přesuny jednotek NATO přes území ČR.
Havel o nevyhnutelnosti zásahu, 19. března:
„Uvědomme si, že kdyby ten konflikt pokračoval, kdyby do toho nevstoupilo mezinárodní společenství v té či oné podobě, tak dříve či později bude do něj vtažena Albánie, Makedonie, Bulharsko, posléze Řecko a může vzniknout celobalkánský konflikt, který zákonitě přeroste v konflikt celoevropský, ne-li světový.“
Václavu Havlovi je rovněž v souvislosti s leteckými útoky NATO na Jugoslávii připisován pojem „humanitární bombardování“. Havel to v nedávném exkluzivním rozhovoru pro ČR odmítl: „Tuhle pitomost bych nikdy neřekl, vzniklo to špatným překladem.“
Havel však již v roce 1993 u příležitosti otevření Muzea holocaustu ve Washingtonu vyjádřil svou podporu myšlence bombardovat pomocí letadel NATO vybrané pozice bosenských Srbů.
Problematické reakce českých politiků i veřejnosti
Česká politická scéna reagovala na kosovský konflikt nejednoznačně. Velvyslanec ČR při NATO Karel Kovanda uvedl: „Chybí explicitní podpora postupu aliance z řad českých představitelů - se světlou výjimkou pana prezidenta Havla a pana ministra Kavana.“ Bývalý český ministr zahraničí Josef Zieleniec označil dokonce český postoj během kosovské krize za „hanebný“.
Útoky podpořili představitelé čtyřkoalice KDU-ČSL, Unie svobody, ODA a DEU. Rezervovaněji se k němu stavěli někteří členové vedení ČSSD a ODS. Tehdejší premiér Miloš Zeman a předseda Poslanecké sněmovny Václav Klaus se vyslovili pro pokračování diplomatického řešení konfliktu. Útoky naopak odsoudili komunisté. Účinnost bombardování zpochybnil tovněž tehdejší zvláštní zpravodaj OSN pro lidská práva v bývalé Jugoslávii Jiří Dienstbier. Proti vojenskému zásahu se vyslovili i Miroslav Macek a Stanislav Gross i tehdejší vládní zmocněnec pro lidská práva Petr Uhl.
Největší polemiku mezi českými politiky vyvolaly zprávy o případné pozemní ofenzivě NATO. Vláda by s pozemní operací podle vyjádření svého mluvčího z 19. května nesouhlasila.
Ani veřejné mínění nesvědčilo o tom, že obyvatelé ČR alianci v zásahu podporují. Podle průzkumu agentury Sofres-Factum, zveřejněném 4. května 1999, před zahájením leteckých akcí považovalo účast NATO v konfliktu mezi Srby a kosovskými Albánci za prospěšnou 49,5 procenta respondentů, po začátku bombardování jugoslávských cílů už jen 36,3 procenta.
Česko-řecká iniciativa nepřinesla úspěch
Česká diplomacie se pokusila aktivně přispět k urovnání konfliktu. V květnu předala vedení NATO text společné česko-řecké iniciativy navrhující kroky k politickému řešení kosovské krize. Iniciativa, jejíž body byly v mnohém obdobou již předložených návrhů mezinárodního společenství, nevyvolala v alianci větší ohlas.
Ještě před ukončením konfliktu v polovině června nabídla ČR průzkumnou rotu o síle 150 vojáků pro plánované mezinárodní síly v Kosovu (KFOR). Poslanecká sněmovna a Senát schválily následně možnost vyslat do Kosova až 800 lidí. Česká průzkumná rota o 126 vojácích začala 12. července monitorovat dění na čtyřicetikilometrovém úseku hranic poblíž severokosovského Podujeva v britském sektoru KFOR.
- Kosovsko-srbský hraniční přechod autor: ČT24, zdroj: ČT24 http://img2.ct24.cz/cache/140x78/article/1/91/9099.jpg
- Václav Havel autor: ČT24, zdroj: ČT24 http://img2.ct24.cz/cache/140x78/article/8/733/73244.jpg
- Jiří Dienstbier v OVM autor: ČT24, zdroj: ČT24 http://img2.ct24.cz/cache/140x78/article/7/651/65019.jpg
