Stonehouse byl náměstkem ministra letectví a ministra pošt a komunikací v 60. letech. V roce 1969 na něj po svém útěku na Západ upozornil československý špion Josef Frolík, kontrarozvědka ale podezření nakonec odmítla. O deset let později zprávy o Stonehouseovi potvrdil další československý přeběhlík, který doplnil i podrobnosti, že politik pracoval pro StB od roku 1962.
Thatcherová se ale dohodla s vrcholnými představiteli vlády, že Stonehouse nebude trestně stíhán. Podle ministra spravedlnosti Michaela Haverse totiž nebylo pravděpodobné, že by britské tajné služby výslechem politika získaly nějaké cenné informace. Britskou vládu by ale naopak výslech Stonehouse postavil do špatného světla. Stonehouse si navíc v té době odpykával ve vězení trest za podvod a byl krátce po operaci srdce.
John Stonehouse zemřel v roce 1988. Za jeho života se nikdy zvěsti o tom, že pracoval jako agent pro komunistický stát, nepotvrdily.
