Nacisté hledali při „konečném řešení židovské otázky“ co nejefektivnější způsob vraždění. Nestačilo střílení židů či jejich zabíjení v mobilních plynových komorách, proto začali měnit již existující koncentrační a pracovní tábory na území Polska na tábory vyhlazovací a za nejvhodnější způsob vraždění si vybrali zabíjení plynem. Pomohla jim náhoda. Při epidemii skvrnitého tyfu v červnu 1941 v koncentračním táboře Osvětim totiž firma Tesch a Stabenow (Testa) z Hamburku, zabývající se hubením škůdců, použila proti vším formu kyseliny kyanovodíkové, cyklon B. Ten se vzápětí vyzkoušel na lidech.
V kmenovém táboře Osvětim, bývalých kasárnách polské armády, bylo ve sklepě bloku 11 zavřeno téměř 600 sovětských zajatců a asi 300 těžce nemocných polských vězňů. Okna a dveře se utěsnily a nacisté dovnitř nasypali modré kuličky velikosti hrášku, které se změnily v jedovatý plyn. Plyn vnikl lidem do plic a ochromil jim centrum dýchání, zemřeli asi za 15 minut.
První plynová komora, v níž byli zabíjeni váleční zajatci, byla v Osvětimi patrně zřízena již v září 1941. O měsíc později se začala plánovat výstavba tábora v Osvětimi-Březince, který byl otevřen v březnu 1942 a kde byly postaveny čtyři velké plynové komory. V těch mohlo být denně zavražděno na šest tisíc lidí. Na 1500 lidí se spotřebovalo pět kilogramů cyklonu B. Plynové komory byly maskovány jako sprchy, které měly oběti přesvědčit, že jde o dezinfekční opatření, kterým musejí projít dříve, než budou posláni do tábora.
Od začátku roku 1942 byly plynové komory instalovány i v dalších nacistických vyhlazovacích táborech - Belzecu, Sobiboru, Treblince a Majdanku. Po uzavření táborů Belzec, Sobibor a Treblinka koncem roku 1943, kde bylo zavražděno přes 1,7 milionu Židů, bylo centrum nacistické genocidy přesunuto do Osvětimi, kam směřovaly transporty z celé nacisty okupované Evropy. V Osvětimi, která se stala symbolem nacistického holocaustu, zahynulo v plynových komorách asi 1,5 milionu Židů. Koncem roku 1944 nacisté plynové komory a krematoria zničili, protože se snažili před postupující Rudou armádou skrýt stopy své vražedné mašinérie.