A to má hlavní vlna nákazy teprve přijít, příliv pacientů k lékařům totiž obvykle nastává až na podzim, kdy lidé vyrážejí na houby. V bezpečí ale nejsou ani lidé, kteří do přírody moc nechodí. Encefalitidou se totiž může člověk nakazit i z potravin, konkrétně pitím nepasterizované mléka. Jde však jen asi o procento všech případů.
V Rakousku na konci srpna dokonce lékaři přišli na případ, kdy se z mléka nakazila celá rodina. Klíšťata jsou navíc zřejmě odolnější, až dosud se jejich výskyt omezoval jen do výšky 1350 metrů nad mořem, v Rakousku se ale zvířata pásla ve výškách nad 1500 metrů. Posun klíšťat do vyšších nadmořských výšek si odborníci spojují se změnami klimatu. Mírnější zimy vedou k přemnožení hrabošů a ostatních hlodavců, kteří jsou hlavním rezervoárem a hostitelem viru klíšťové encefalitidy.
V Česku se přes 90 procent území považuje za oblast se zvýšeným výskytem nakažených klíšťat. Nejvíce onemocnění každoročně hlásí lékaři z jižních Čech, Vysočiny a z okolí Vranovské přehrady a Brna.
