První projekty na stavbu Bajkalsko-amurské vznikaly již začátkem 30. let. První úsek kojejí byl položen už v roce 1938. Důvody pro stavbu 4300 kilometrů dlouhé železniční trati byly dva. Železnice měla zajistit rozvoj těžby nerostných surovin a zatraktivnit lokalitu Sibiře. Ve skutečnosti ale měla sloužit jako vojenská strategická železnice.
Jako první budovatelé trati byli vybráni trestanci, kterých byl v té době nadbytek. V zápětí však vypukla 2. světová válka a trestanci odešli do boje. Hotová trať pak byla zčásti rozebrána a použita pro válečné účely. Po bojích byla stavba znovu obnovena. Většinu dělníků tvořili němečtí a japonští zajatci.
V 50. letech se budování železnice téměř zastavilo. Odchod osvobozených zajatců nadělal vrásky hlavně stavbyvedoucím. Realizace projektu měla čím dál větší zpoždění a na čas byla dokonce přerušena. Až v 70.letech rozhodl Brežněv o jejím pokračování. Stavba byla oficiálně dokončena v roce 1984 zatlučením posledního zlatého hřebu. Ten byl však vzápětí ukraden.
Na mnoha místech byla železnice vedena pouze provizorně. Severomujský tunel, poslední úsek magistrály, byl dokončen až v roce 2003. Postavená městečka kolem trati dnes chátrají a živoří v nich pár lidí, ostatní plánovaná střediska vůbec nevznikla. Vlaky zde sice jezdí, ale je jich pouze několik za měsíc.