Podyjí si svůj jedinečný a nedotčený charakter uchovalo díky bezprostřední blízkosti hranic s Rakouskem. Kvůli ostře sledovanému hraničnímu pásmu byla totiž většina CHKO veřejnosti nepřístupná. Po roce 1989 se začalo s přípravami k přidružení Podyjí do kategorie národní park, kterým se stal v roce 1991. S rozlohou 63 kilometrů čtverečních se tak stal nejmenším národním parkem v České republice. O devět let později vyhlásilo Rakousko na pravém břehu Dyje Národní park Thayatal, čímž vzniklo unikátní bilaterální území evropského významu.
Podyjí se pyšní zachovalými přirozenými lesy. V západní části se nacházejí zbytky původních podhorských bučin s jedlí a tisem, které východním směrem střídají dubohabrové porosty. Zvláště chráněno je celkem 77 druhů rostlin. K nejzajímavějším patří například kýchavice černá, brambořík nachový, 18 druhů orchidejí a endemit jeřáb muk hardeggský. Velký význam mají i vřesoviště a stepní lady vzniklé vykácením původních doubrav a následnou pastvou dobytka.
