Příčinou ničivé povodně bylo jarní tání mimořádně velkého množství sněhu v Alpách i vydatné deště, které zasáhly také severní přítoky Dunaje - tedy Váh, Nitru a Hron. To, že řeka nezvládla tak vydatné srážky, je dáno regulací jejího toku a svedením vody do nepřirozeně přímého koryta kvůli plavbě. Zaplavení velké části jižního Slovenska upozornilo tehdy na zastaralost hrází a nutnost vybudování nového systému protipovodňových opatření. Tak vznikla kontroverzní soustava vodních děl Gabčíkovo-Nagymaros.
O jejím zbudování rozhodly Maďarsko a tehdejší Československo na konci 70. let. Z původního projektu byla nakonec realizována jen jeho slovenská část, a to ve změněné podobě. V rámci její výstavby však byl zrekonstruován a vylepšen i systém hrází. Katastrofa z roku 1965 by se tedy podle odborníků neměla opakovat.
V červnu 1965 zasáhla Slovensko největší povodeň 20. století
Povodeň měla i nečekané politické důsledky. Pražské vedení KSČ tehdy neprojevilo velký zájem, zato tehdy mladý Alexander Dubček pomáhal na Žitném ostrově, a to mu vyneslo obrovskou popularitu a později i funkci prvního tajemníka KSČ.
