Návrh zákona o podpoře výzkumu, vývoje a inovací předpokládá vznik nového ministerstva pro vědu a výzkum (MVV). Koordinovalo by oblast výzkumu a její financování. Právě nové ministerstvo je ale jedním z bodů kritiky. „Jsme toho názoru, že zřízením nového ministerstva by došlo pouze k nárůstu byrokratického aparátu a také k citelným zásahům do výdajové stránky státního rozpočtu,“ uvedlo v jedné z připomínek ministerstvo pro místní rozvoj. Podle ministerstva financí zase „vznik nového ministerstva nepřináší dostatečný ekonomicky zdůvodnitelný efekt“. Výhrady má i ministerstvo školství.

Události, komentáře: Jak si vede česká věda
Tyto připomínky i některé další se nepodařilo do návrhu zapracovat, je proto podáván takzvaně s rozporem. „Některým připomínkám však principiálně vyhovět nelze, neboť mají politický charakter a jdou proti samotné podstatě návrhu. Příkladem je otázka zřízení nového ministerstva. Jestliže vláda schválila věcný záměr zákona, který zřízení ministerstva předpokládá, nelze akceptovat názor, že ministerstvo zřízeno být nemá,“ vysvětlil Bělobrádek. Pod MVV by podle návrhu přešly Grantová agentura a Technologická agentura ČR a v další fázi také Akademie věd ČR a vysokých škol, tedy instituce, přes které prochází podstatná část peněz na výzkum. Zatím je tato oblast rozdělená rozdělená mezi ministerstvo školství a ministerstvo průmyslu.
Co s vědou a výzkumem
Zefektivnit řízení vědy a výzkumu má současná vláda v programovém prohlášení, věcný záměr zákona o výzkumu schválila loni v srpnu. Dosud tuto oblast reguluje zákon z roku 2002, ten je ale podle důvodové zprávy již zastaralý, neumožňuje podporu inovací nebo spolupráci výzkumné a podnikatelské sféry.