Podáním návrhu se podle hejtmana Jiřího Zimoly (ČSSD) kraj nestaví proti ochraně přírody, ale proti způsobu, jakým byly klidové zóny vyhlášeny. „Podle našeho názoru park nerespektoval zákon o krajích, podle kterého je kraj oprávněn vyjadřovat se k návrhům státních orgánů, které se dotýkají působnosti kraje. Správa národního parku Šumava ani ministerstvo životního prostředí kraj k jednáním o klidových zónách nepřizvaly,“ uvedl hejtman. Dodal, že park i ministerstvo dlouhodobě neberou krajskou samosprávu na vědomí, k důležitým jednáním její zástupce nezvou a případné připomínky samosprávy nepovažují za relevantní a ignorují je.
Jihočeský kraj nesouhlasí s formou, jakou byly klidové zóny vyhlášeny. Platnost nařízení, která nabyla účinnosti 1. května 2009, nebyla podle hejtmana časově omezená. Třeba v Krkonošském národním parku tomu tak bylo, a tamní nařízení obsahovala i konkrétní důvody omezení vstupu.
Podle ředitele parku Františka Krejčího zástupci obou stran dospěli k názoru, že snadnější než „přehlášení“ území, bude vyčkat na schválení nového rozdělení zón parku, tedy zařazení sporných území parku do bezzásahových zón. „Nechtěli jsme území s omezeným vstupem přehlašovat, protože se to legislativně ukázalo v podstatě nemožným. Důvody vyhlášení - tedy výskyt chráněných druhů živočichů a stav ekosystémů, nepominuly. Zákon také neříká, že by omezení vstupu muselo být časově omezené,“ dodal Krejčí.