Oprava starých varhan je velmi zdlouhavá. Často je třeba pracovat s desítkami píšťal, vše proto trvá i několik let. Dalibor Michek přitom upozorňuje, že taková práce v sobě skrývá několik řemesel naráz: „Je nutno ovládat konzervátorské metody a práce, které v normální varhanařině nejsou nutné.“ Nedílnou součástí práce je také oprava skříně varhan – vždy je nutné nejprve prozkoumat její povrchovou úpravu a potom teprve restaurovat. „Druhotné povrchové úpravy se snímají až na vrstvu, která se restauruje. Někdy se zjistí již destruktivním průzkumem, že původní povrchová úprava prakticky zmizela,“ upozorňuje Petr Severa z Národního památkového ústavu.
Historické varhany, které do Studének přicházejí – například ty z Krásné Hory u Havlíčkova Brodu vyrobené v roce 1715 nebo z Kutné Hory z roku 1801 – jsou často ve špatném stavu i díky minulým zásahům. Kutnohorskému nástroji kdosi neodborným zásahem uřezal a zničil dřevěné píšťaly. Podle Dalibora Michka se to stává, když chtějí faráři ušetřit peníze a zvolí raději levnější neprofesionální práci než odbornou opravu. „Situace je zoufalá. Vidíme řadu nástrojů doslova evropského významu, které už nemají šanci být zachráněny,“ poukazuje restaurátor.
