Národní zemědělské muzeum zpřístupnilo rozsáhlý archiv projektů, který představuje i badatelskou základnu pro interpretaci autorské tvorby Františka Thomayera. V archivu muzea jsou i zachované projekty nebo jejich části, které vznikly činností soukromého ateliéru Františka Thomayera. Tyto projekty se týkají řady dodnes existujících objektů (zámecké parky, veřejné či lázeňské parky, soukromé zahrady). Thomayer řídil školkařský závod v Říčanech u Prahy a obracela se na něj i řada dalších českých měst s žádostí o pomoc při úpravě svých veřejných prostor.
S rozvojem měst se v 19. století šířil zájem o městská veřejná prostranství a jejich úpravy. Thomayer tehdy významně zasáhl do podoby pražských parků a zahrad. Navrhl například dnešní podobu parku na Karlově náměstí, zahradu Strakovy akademie, upravoval Chotkovy sady či park u libeňského zámečku, který nese jeho jméno a v němž je i jeho pomník.
K 70. výročí úmrtí Františka Thomayera se dnes a v pátek koná v Národním muzeu v Praze odborný seminář, který pořádají obě zmíněná muzea a Národní památkový ústav.
