Poslední a nejnáročnější fází stavby byla elektrizace a rekonstrukce českovelenického nádraží. Největší změnou pro cestující jsou nová bezbariérově přístupná nástupiště. „Cílem optimalizace bylo uvedení železniční stanice České Velenice do technického stavu odpovídajícího evropským parametrům a standardům v rámci interoperability pro tratě evropského železničního systému, včetně zvýšení bezpečnosti jak z pohledu drážní dopravy, tak i z pohledu cestující veřejnosti,“ uvedl ředitel SŽDC Jan Komárek.
Trať z Českých Budějovic do Gmündu zůstává i po rekonstrukci jednokolejná, nejvyšší povolená rychlost je 100 kilometrů za hodinu. Díky průchodnosti pro ložnou míru UIC GC a třídě zatížení D4 po ní mohou jezdit i ty nejtěžší nákladní vlaky.
Po otevření zrekonstruovaného velenického nádraží je elektrizována celá trasa někdejší Dráhy císaře Františka Josefa, která vznikla v druhé polovině 19. století a vedla z Vídně přes Gmünd, České Budějovice a Plzeň do Chebu. Mezi Plzní a Chebem probíhají v současnosti další úpravy, velká část trati má být zdvoukolejněna. Úsek je dnes součástí III. koridoru Cheb – Praha – Český Těšín.