Podle Hercegové policie provedla pátrání po dívce a následné vyšetřování případu tak, aby zajistila maximum možných důkazů proti pachateli. Mezi nepřímé důkazy patří zejména vyvrácená výpověď obviněného ohledně jeho pohybu v den zmizení dívky, jeho psychiatrický a psychologický profil, nález DNA na jejím batohu či jeho daktyloskopická stopa na igelitu, který ležel pod batohem a kterého se podle výpovědi Otakar T. nedotýkal.
Dalšími důkazy jsou podle zastupitelství také nález jeho DNA na oděvu dívky, pachová stopa na nářadí nalezeného v blízkosti místa nálezu těla dívky, které bylo podle Hercegové nezbytné k vykopání jámy určené k ukrytí jejího těla. O vině podle státní zástupkyně svědčí i výpověď svědka, která potvrzuje, že dívka podobná Aničce šla s mužem podobným Otakaru T. na trase spojující nález batohu a místo nálezu těla.

Reportáž Kamily Štíchové
Reportáž Kamily Štíchové
U, 29.4.
Telefonát Štěpánky Zenklové
Rozhovor s Miroslavem Krutinou
Hlavní události v případu zavražděné Aničky
13. října 2010 – Policie večer zveřejnila informaci o pohřešované devítileté dívce, která se toho dne nevrátila ze školy v Praze 8 - Troji. Poblíž místa, kde se dívka rozloučila se spolužačkami, nalezli policisté její batoh a také láhev s pitím. 14. října 2010 – Pokračování pátrání v pražské Troji. Na místě byla stovka policistů se psovody i policisté na koních. Hledání dívky pokračovalo v dalších dnech, pátrání se rozšířilo z Prahy do celé ČR.
16. října 2010 – Do pátrací akce se zapojili kynologové ze Slovenska se speciálně vycvičenými psy. Informace o pohřešované dívce předali do Schengenského informačního systému a Interpolu. Večer nabídl dívčin otec v televizi Nova případným únoscům 3,5 milionu korun, když jeho dceru propustí. Na výzvu nikdo nereagoval.
19. října 2010 - Policisté zadrželi podezřelého muže (41), v minulosti trestaného zejména za majetkové delikty. Na dívčině batohu nalezli stopy jeho DNA. 22. října 2010 – Podezřelého policie obvinila z trestného činu zbavení osobní svobody - k činu se nepřiznal, policisté proti němu měli jen nepřímé důkazy. Byl propuštěn na svobodu, protože soud neakceptoval návrh, aby byl vzat do vazby.
25. října 2010 – Policisté našli klíče, které údajně dívce patřily. Policie také požádala média, aby přestala zveřejňovat detaily z pátrání. Pátrání v dalších dnech pokračovalo nejen v Troji, ale i jinde.
8. listopadu 2010 – Městské státní zastupitelství odmítlo stížnost na zahájení stíhání, kterou podal podezřelý muž.
9. listopadu 2010 – Rodiče dívky nabídli 3,5 milionu korun tomu, kdo dívku zachrání, či za informace vedoucí k člověku, který stojí za jejím zmizením. Nabídka vedla k vydírání: 27. listopadu 2010 – Soud uvalil vazbu na 24letého muže z Plzeňska, který vydíral rodiče ztracené dívky. Soud muži 28. února 2011 uložil podmíněný trest 2,5 roku vězení s odkladem na pět let.
15. prosince 2010 – Policie zveřejnila informaci, že stopou by mohl být neznámý muž, který byl v den zmizení dívky viděn v pražské Troji s podobným děvčetem.
16. ledna 2011 – Hlavní podezřelý v případu zmizení podle serveru Aktuálně.cz přiznal, že ji v den jejího zmizení viděl. Předtím to přitom popíral. Muž prý neprošel detektorem lži právě v těch částech výslechu, které se týkaly dívčina zmizení. Policie v reakci uvedla, že některé informace serveru nebyly pravdivé.
16. března 2011 – Policie našla v pražské Troji tělo. Následná expertiza potvrdila, že šlo o pohřešovanou dívku. Podle pitvy dívka zemřela násilnou smrtí. 17. března 2011 – Podezřelý jednačtyřicetiletý Otakar Tomek byl obviněn z trestných činů vraždy, znásilnění a krádeže vloupáním. Následně byl vzat do vazby.
21. března 2011 – Obviněný se v pankrácké vazební věznici pokusil o sebevraždu oběšením; nechal dopis na rozloučenou, ve kterém se ale k vraždě ani ke znásilnění nepřiznal. 23. března 2011 – Obviněný Otakar Tomek zemřel v pražské Ústřední vojenské nemocnici. Příčinou smrti byla zřejmě zranění, která si způsobil při svém pokusu o sebevraždu.